Этому же способствовала алтарная преграда, состоявшая из барьера, поставленного между алтарными столпами, и темплона, крепившегося на воздушных связях нижнего регистра на высоте около 4,75 м от уровня древнего пола. Вероятно, к темплону крепилась завеса, закрывавшая алтарный проём. Высокая алтарная преграда, типология которой чрезвычайно важна для эволюции высокого русского иконостаса, была установлена в соборе сразу после постройки. Около 1122 г. западная стена храма была растёсана, образовав, таким образом, третью пару столпов; с запада пристроен нартекс с хорами, куда ведёт увенчанная куполом северо-западная башня с приделом преподобных Петра Афонского и Онуфрия Великого; третья глава открывалась на хоры в юго-западном углу. В 1125 г. собор был расписан, в 1378, 1386, 1396 и 1467 гг. пострадал от пожаров. В XVI в. собор получил щипцовое покрытие. В конце XVI в. к нему была пристроена небольшая паперть, где положили камень, на котором, по преданию, преподобный Антоний приплыл в Новгород. В 1671 г. пристроен южный придел во имя Антония Римлянина, в 1680 г. – северный придел во имя апостола Иоанна Богослова. В 1699 г. во всю ширину собора была возведена новая паперть. В XVIII в. были растёсаны окна, собор получил 4-скатное покрытие и огромные луковичные главы. В таком виде он сохранился до настоящего времени. Росписи 1125 г. сосредоточены в восточной части собора. В алтаре фрагментарно сохранился 2-ярусный святительский чин, в алтарной арке расположены медальоны с образами преподобных Герасима и Харитона, изображения первосвященников Моисея и Аарона. В дьяконнике роспись посвящена Иоанну Предтече, сохранились композиции «Поднесение главы Предтечи Иродиаде» и «Второе обретение главы Предтечи» и фрагменты «Пира Ирода» и «Первого обретения главы Предтечи». В арке дьяконника расположено несколько фигур неизвестных святых. В жертвеннике, тема росписи которого посвящена Богородице, представлено «Введение во храм» и фрагменты композиции «Рождество Богородицы». Роспись северной и южной стен наоса, располагавшаяся в пять регистров, сохранилась фрагментарно в виде двух узких полос. Два верхних яруса занимали сцены из земной жизни Иисуса Христа (фрагмент «Пира в Кане Галилейской» на северной стене), третий ряд – медальоны с изображением святых, под ним – чин святителей. Нижнюю зону занимали две большие композиции – «Успение Богородицы» на северной стене и «Рождество Богородицы» – на южной стене. Участки росписи хорошей сохранности расположены на западных гранях алтарных столпов – древняя штукатурка сохранилась на всю высоту граней, что позволяет реконструировать по отпечаткам оригинальную конструкцию древней алтарной преграды. Над темплоном изображены две пары целителей – святые Кир и Иоанн на северном столпе и святые Флор и Лавр – на южном, над ними – «Благовещение».