В 1918 г. духовная семинария была закрыта, в её помещениях открылся педагогический техникум, 1 октября 1919 г. преобразованный в Новгородский практический институт народного образования, который в 1932 г. был включён в Новгородский государственный университет. Монастырь Антония Римлянина был упразднён 3 марта 1920 г., вскоре после закрытия в монастыре поселили коммуну из бывших беспризорников. Собор Рождества Пресвятой Богородицы некоторое время действовал как приходской храм. Последний настоятель (с 1913 г.) архимандрит Тихон (Тихомиров) 4 апреля 1920 г. был хиротонисан во епископа Кирилловского. Свидетельства о репрессиях в отношении братии монастыря в 1918–1920 гг. отсутствуют. В январе 1925 г. библиотека семинарии, фонд которой насчитывал 30 тыс. экз., была передана Новгородскому губернскому музею, к 2001 г. книжное собрание Новгородской духовной семинарии находилось в Российской народной библиотеке, библиотеке Новгородского государственного объединённого музея-заповедника и др. Планируется передача Русской православной церкви Рождественского собора со статусом приходского храма при Новгородском университете, в котором создано межфакультетское отделение богословия. Собор в честь Рождества Богородицы – первый из известных храмов Новгорода, построенный не по княжескому заказу, однако его архитектура близка так называемой группе киево-новгородских храмов, возведённых княжескими мастерами в 1113–1119 гг. (церковь Благовещения на Городище, церковь святителя Николая на Ярославовом дворище, Георгиевский собор Юрьева монастыря). Храм имеет апсиды, поднятые во всю высоту фасада, и башню для входа на хоры, примыкающую к северной части нартекса. Архитектурные формы собора, несколько уступающего по размерам храмам «княжеской группы» демонстрируют завершение процесса сложения собственной, новгородской, традиции, местной является и строительная техника (кладка из волховской плиты, булыжника и кирпича). Предельная лаконичность фасадов, их плоские и узкие лопатки, отвечающие внутреннему членению храма, окна с бровками 2-уступчатого профиля, ныне утраченные декоративные пояса (зубчатый на архивольтах закомар и аркатурный на барабанах глав не сохранились) указывают на влияние романского зодчества. Башня в северо-западной части собора имеет цилиндрическую форму и увенчана главой того же размера, что и вторая, центральная, расположенная над юго-западной частью нартекса. В интерьере преобладает чётко выделенный подкупольный крест, рукава которого значительно шире угловых объёмов. Наос вытянут с севера на юг и благодаря 8-гранности средней пары столпов (характерны для зодчества XI в.) организован как единое пространство. Восточные столпы имеют т-образную форму, благодаря чему алтарь заметно обособлен от наоса.