Согласно своему прошению 28 июня 1723 г. Аарон был уволен на «обещание» в Нилову Столобенскую пустынь, а Корельская епископия упразднена с передачей подведомственных ей дел в Санкт-Петербургскую тиунскую контору. В докладе Синода от 9 февраля 1727 г. кандидатура Аарона предлагалась для занятия вакантной Коломенской кафедры, однако не была утверждена. В ноябре 1727 г. архиепископ Феофан (Прокопович) добился возвращения Аарона на викариатство «для воспоможения в посвящении священства и причта» с титулом епископа Корельского и Ладожского и местопребыванием в Новгороде. В январе–феврале 1728 г. из-за отъезда архиепископа Феофана в Москву Аарон участвовал в заседаниях Синода, а в октябре–ноябре 1728 г. присутствовал при погребении царевны Анны Петровны. С апреля по октябрь 1729 г. находился в Москве по делам епархии. Очевидно, полномочия Новгородского архиерея и его викария были разграничены недостаточно чётко, и Аарон помимо поставления священнослужителей управлял духовенством Кексгольма, Новой Ладоги и других городов и сёл епархии. Вскоре между Аароном и архиепископом Феофаном (Прокоповичем) возник конфликт по поводу принадлежности олонецких вотчин Софийского дома. По поданному Аароном прошению 1 июля 1730 г. состоялось решение Синода о его увольнении «за немощью» на покой в Нилову Столобенскую пустынь, откуда в 1735 г. он подал на имя императрицы Анны Иоанновны (1730–1740 гг.) челобитную о неприменении к братии Ниловой пустыни указа о расстрижении лиц, постриженных в монашество после утверждения «Духовного регламента». 2 июня 1735 г. Аарону был разрешён постриг в схиму, однако уже 28 июня 1735 г. началось следствие под руководством Феофана (Прокоповича) по делу о челобитной, в результате чего Аарон был подвергнут обстоятельному допросу. Определением Синода от 23 августа 1736 г. ему был объявлен выговор с угрозой ссылки в дальний монастырь, запрещением вступать в монастырское правление и строжайшим запретом держать в келье бумагу и чернила. Последние годы жизни Аарон провёл под усиленным надзором. На основании разрешения Синода 3 апреля 1740 г. принял схиму с именем Алипий (Олимпий). Погребён 3 мая 1740 г. В завещании оставленные 30 руб. предназначал на поминовение.