Вскоре после кончины Афанасия Высоцкого над местом его погребения была устроена каменная часовня. В 1697 г. боярыня М.Т. Нарышкина построила над гробом святого одноглавый каменный храм во имя Афанасия Афонского. В 1878 г. церковь разобрали и на её месте построили новую – во имя Сергия Радонежского и Афанасия Афонского, в 1967 г. храм был разрушен. В конце XVII – начале XVIII вв. была составлена служба преподобному (из предисловия к списку службы начала XIX в. исследователи сделали вывод, что он сделан со списка 1707 г.). В 1994 г. по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия (Пояркова) в монастыре производились работы по определению места погребения Афанасия Высоцкого. 24 сентября были обретены мощи святого, их торжественно перенесли в Покровскую церковь (ныне в монастыре каждую пятницу служится братский молебен с акафистом Афанасию Высоцкому Младшему). Определением Архиерейского Собора РПЦ 2004 г. Афанасий Высоцкий Младший прославлен к общецерковному почитанию. Ко времени составления его «Жития» относятся ранние сохранившиеся иконы святого: например, конца XVII – начала XVIII в. (предположительно под записью), находившаяся на его гробнице: Афанасий Высоцкий Младший написан прямолично, в рост, старцем с бородой средней длины и волосами до плеч, в преподобнических одеждах (мантия, ряса, схима), с чётками в левой руке; в верхних углах восседающие в облаках Бог Отец и Бог Сын. Икона «Пятичастная», 1707 г. (Серпуховский музей-заповедник), согласно надписи, являлась вкладом монаха Высоцкого монастыря Лаврентия в приходскую церковь Параскевы Пятницы на посаде «ради поминовения родителей»: в верхнем ряду представлены «Рождество Христово» и «Рождество Богородицы», внизу, в центре, – «Введение Богородицы во храм», по сторонам слева – Сергий Радонежский и Афанасий Афонский (святой, тезоименитый Афанасия Высоцкого Младшего), справа – Никон Радонежский и, очевидно, Афанасий Высоцкий Младший в монашеском облачении, с куколем на плечах, продолговатой бородой, слегка на конце раздвоенной, и недлинными волосами.