После возведения в сан архимандрита 5 марта 1899 г. был назначен ректором семинарии. 6 мая 1901 г. награждён орденом св. Анны второй степени. 18 октября 1901 г. по ходатайству епископа Уфимского Антония (Храповицкого) Андроник был переведён ректором в Уфимскую духовную семинарию, в 1902 г. стал благочинным монастырей епархии. В мае 1905 г. за заслуги в воспитании юношества награждён орденом св. Владимира четвёртой степени. 13 октября 1906 г. был хиротонисан во епископа Киотоского и назначен помощником Николая (Касаткина), архиепископа Японского. Приехав в г. Осака, Андроник нашёл православную общину в плачевном состоянии. Храм посещало не более десяти человек, на клиросе читал и пел один псаломщик. Своё служение Андроник начал с того, что каждый вечер в будние дни посещал дома прихожан, знакомился с их семьями, беседовал, проповедовал, узнавал их нужды. За время его служения в Японии число людей, посещавших храм, значительно возросло, на богослужениях пел большой смешанный хор. Вновь миссионерские труды в неблагоприятном для него климате привели к ухудшению здоровья, и 5 июля 1907 г. Святейшим Синодом ему был предоставлен отпуск. С ноября 1907 г. по 14 марта 1908 г. Андроник временно управлял Холмской епархией в отсутствие избранного в Государственную Думу архиепископа Евлогия (Георгиевского), затем был назначен епископом Тихвинским, викарием Новгородской епархии. Объехал все храмы, входящие в Тихвинское викариатство, за один только сентябрь 1908 г. посетил 22 сельские церкви в Крестецком, Боровичском и Валдайском уездах, служил, проповедовал и беседовал с людьми. 8 марта 1913 г. Андроник был переведён на Омскую и Павлодарскую кафедру. В Омске организовал миссионерские курсы для духовенства трёх сибирских епархий, убеждал духовенство в необходимости поездок священнослужителей в деревни, расположенные далеко от храмов, для совершения исповеди и причащения. 13 апреля 1914 г. Андроник был переведён на Пермскую кафедру. Годы его служения стали временем подъёма церковной жизни в епархии. Было построено несколько храмов, в том числе величественный собор Белогорского монастыря. Архиерей регулярно объезжал храмы епархии, организовывались лекции, беседы, собрания духовенства и мирян; в аудитории при Стефановской часовне в Перми начались занятия миссионерского и народного певческого кружков; была собрана хорошая епархиальная библиотека. Во всех храмах Перми служились акафисты, после окончания которых проводились беседы. При одном из храмов было организовано попечительство о бедных, имевшее свою столовую, где обеды выдавались по дешёвой цене всем желающим, а нуждающимся – бесплатно.