Несмотря на то что среди смоленского клира у Авраамия Смоленского были свои сторонники (например, священник Лазарь, будущий епископ Смоленский), запрещение было снято, и продолжавшиеся пять лет гонения на него прекращены только после того, как по молитве преподобного в городе прекратилось «бездождье велико». В дальнейшем Ефрем подчёркивает «любовь», установившуюся между Авраамием Смоленским и епископом Игнатием, который поручил преподобному игуменство в собственной ктиторее – Ризоположенском монастыре, отличавшемся благодаря усилиям Авраамия Смоленского не только богатством убранства, но и строгостью при приёме иноков. В отличие от времени гонений годы игуменства Авраамия Смоленского представлены в «Житии» бегло. Год его преставления неизвестен, сообщается только, что он «подвизася лет 50». По одним сведениям, в конце XIX в. мощи Авраамия Смоленского находились под спудом в Введенской церкви Авраамиева монастыря – Василий Васильевич Зверинский (1835–1893 гг.), архиепископ Сергий (Спасский; 1830–1904 гг.). По другим сведениям, после захвата Смоленска поляками в 1611 г. мощи Авраамия Смоленского были сокрыты, и их местонахождение неизвестно (Никифор Адрианович Мурзакевич;1769–1834 гг.). «Житие» Авраамия Смоленского, написанное, вероятно, в первые годы монголо-татарского нашествия, и наличие созданной примерно тогда же службы свидетельствуют о местном почитании преподобного, память праздновалась в день успения святого – 21 августа. Общерусское празднование Авраамия Смоленского установлено Собором 1549 г. Служба преподобному полиелейная; общецерковное празднование, предписываемое современным Типиконом, – славословие. В текстах иконописных подлинников облик Авраамия Смоленского сравнивается с Василием Великим или апостолом Андреем Первозванным: «Подобием стар, сед исчерна, главою плешив, брада аки Василия Великаго, покороче мало и не раздвоилась, ризы преподобническия» (XVIII в.); «стар, сед, власы толсты, аки Андрея Первозванного, брада шире Власиевы, а не раздвоилась» (конец XVIII в.). Авраамий Смоленский изображён, например, на поле московской иконы Иоанна Предтечи с Житием (первой половины XVII в., Третьяковская галерея), Смоленской иконы Божьей Матери с избранными святыми на полях (третья четверть XVII в., Исторический музей) из Новодевичьего монастыря в Москве.