Поддерживая свою репутацию «крестьянского царя», распорядился поместить в константинопольском храме Сорока мучеников, который должен был стать его фамильной усыпальницей, своё изображение в одежде бедного земледельца. Но его политика вызывала недовольство многих представителей знати, не раз поднимавших против него восстания. Со своими противниками василевс расправлялся с крайней жестокостью, не щадя и родственников непокорных. Такая жестокость отвратила от него многих сторонников. Церковная политика Андроника Комнина определялась потребностями укрепления его режима. После того как в августе 1183 г. патриарх Феодосий I Ворадиот (1179–1183 гг.) отказался благословить брак внебрачной дочери Андроника Комнина с внебрачным сыном Мануила I и добровольно оставил кафедру, его место занял Василий II Каматир (1183–1186 гг.), обещавший полную покорность василевсу. Новый патриарх согласился освободить императора от принесённой им присяги на верность Мануилу I и Алексею II. За это патриарх и некоторые архиереи удостоились на короткое время чести заседать рядом с василевсом в его совете. Андроник Комнин вёл борьбу со злоупотреблениями в церковной сфере и не интересовался богословскими проблемами. Пригрозил жестоким наказанием митрополиту Новых Патр Евфимию Малаку, попытавшемуся продолжить начатый ещё в правление Мануила I спор о евангельских словах «Отец Мой более Меня» (Ин. 14:28). С точки зрения внешней политики правление Андроника Комнина стало началом заката могущества Византии. Венгерский король Бела III в союзе с сербским жупаном Стефаном Неманей занял Далмацию и стратегически важные города по Дунаю. В Малой Азии сельджуки захватили г. Созополь. От империи отпал и остров Кипр, где объявился самозваный император Исаак Комнин. В 1185 г. против Византии выступили сицилийские норманны, чья ненависть к грекам подогревалась воспоминанием о константинопольской резне 1182 г. Захватив и подвергнув страшному разгрому Фессалонику, они продолжали двигаться на Константинополь, что ускорило падение Андроника Комнина. 12 сентября 1185 г. опальный вельможа Исаак Ангел (1156–1204 гг.), избежавший смерти от рук приближённых Андроника Комнина, встал во главе восставших и был провозглашён василевсом. Андроник Комнин попытался бежать из Константинополя, его схватили, посадили на облезлого верблюда и провели через город, причём каждый мог сделать с ним всё, что хотел. С вырванными глазами и оторванной рукой он был брошен в темницу. Умер на ипподроме через несколько дней во время новых издевательств над ним. Смерти или ослеплению подверглись и его ближайшие родственники, за исключением его малолетних внуков Алексея и Давида, которые с конца 1185 г. воспитывались в Грузии. Противоречивость исторического образа Андроника Комнина породила разные оценки его правления. Фёдор Иванович Успенский (1845–1928 гг.), не отрицая жестокостей Андроника Комнина, стремился выделить положительные моменты его национальной политики. В середине 1930 гг. немецкий исследователь Г. Штадтмюллер отмечал твёрдость и решительность Андроника Комнина как главы государства. Образ «крестьянского царя», пришедшего к власти на волне народного возмущения, выглядел привлекательным и для советской историографии, в которой, впрочем, возобладала его оценка как выразителя интересов столичной бюрократии, недовольной засильем военной знати из клана Комнинов. Изображение Андроника Комнина известно по маргинальной миниатюре списка «Хроники» Иоанна Зонары. Он представлен слева в нижнем ряду в виде старца с седой раздвоенной бородой. Подобное изображение встречается и на монетах времени его правления.