Каждая из книг его комментария посвящена тому или иному периоду этой истории: первые книги посвящены ветхозаветной истории, V–VI – апостольской общине в Иерусалиме, VII – церкви, гонимой язычниками, VIII – возмущаемой еретиками, IX – укреплённой и наставленной своими учителями, X – обращению в христианство Римской империи, XI – обращению варваров и иудеев, XII – эсхатологической перспективе. Наряду с библейской историей Аппоний был знаком и с римской античной историографией, в частности, с «Историей Рима» Тита Ливия, а также с «Церковной историей» Евсевия Кесарийского в переводе Руфина. Продолжая традицию латинских христианских историков (Лактанция и др.), Аппоний тесно связывает между собой историю церкви и историю Римской империи. Пришествие Христа провиденциально совпало с установлением мира во всей вселенной, торжественно провозглашённого императором Августом: «Весь род человеческий, в каком бы месте он ни обитал, с этого времени стал объединён узами мира» (прекратились все войны, которые были чуть ли не беспрерывны до пришествия Христа). Это объединение многих народов в рамках одной империи, несомненно, способствовало успеху апостольской проповеди. По мнению Аппония, и в его время столкновения с различными варварами не идут ни в какое сравнение по жестокости и размерам с войнами древних времён и не нарушают в целом всеобщего мира. При этом они способствуют распространению христианской веры, т.к., захватывая в плен христиан, варвары могут принять из их уст «лекарство веры». Особое значение Аппоний придаёт обратившимся в христианство римским императорам, от которых исходят «святые законы, досточтимый мир, высокое благоговение перед благочестием и святой церковью». Императоры, являясь «наместниками Бога на земле», способствуют ещё большей святости церкви. Подобные взгляды объясняются временем написания «Толкования», когда в правление императора Феодосия I Великого (379–395 гг.) церковь торжествовала над язычеством. Отношение Аппония к античной культуре и философии было далеко не однозначным. С одной стороны, у него встречаются критические высказывания: он призывает смирить надменную мудрость язычников, осуждает гордых философов, приписывающих себе знание Бога, называет риторику средством, которым пользуются еретики и философы для совращения душ и превращения истины в ложь, и т.д. С другой стороны, осуждая языческих философов, ставящих во главе всего наслаждение (всех их он обозначает общим понятием «киники»), Аппоний с почтением высказывается о платониках, учивших о «Едином бестелесном Боге, Творце всякого блага», стоиках, говоривших о Божественном провидении, а также о некоторых досократиках, например, о Фалесе Милетском, которому он приписывает первому из язычников утверждение, что «всё имеет только одного творца», и Ферекиде, который исповедовал бессмертие души. Самое большое заблуждение языческой философии, по мнению Аппония, – приписывать способность познания человеку, а не Богу, дающему мудрость. Вместе с тем он заявляет, что церковь не должна отрицать языческую мудрость, в первую очередь, для опровержения еретиков и язычников, приводя в пример Иустина Философа. Хотя пророки и апостолы были людьми необразованными и говорили простым языком, в Священном Писании можно встретить и приёмы риторики. Особое внимание в своём произведении Аппоний уделяет подвигу мученичества, ставя его в один ряд с таинствами крещения и покаяния. Мученичество – это ответ души на любовь Христову. В мученике страдает Сам Христос, поэтому мученичество совершается не от свободной воли и не силами человека, но даруется Сыном Божьим, а сам мученик уподобляется Христу.