Влияние Оригена наиболее чётко прослеживается в христологии Аппония. Признавая Христа совершенным Богом и человеком, он в духе оригенизма предпочитает говорить не о соединении природ, а о единении Слова Божьего и человеческой души Христа, единственной «по собственному благому изволению оставшейся в том же состоянии, в каком была сотворена», и вместе с тем отличающейся от прочих человеческих душ лишь степенью чистоты, но не сущностью. Вслед за Тертуллианом Аппоний утверждает телесный характер души, соответственно и соединение Бога Слова и человека во Христе произошло «телесно», т.е. неразрывно и непреложно. Таким образом, чистая душа Христа связала человеческое тело и Слово Божье и стала посредницей между могуществом Божества и слабостью тела. Впрочем, Аппоний остался чужд оригенистическим учениям о предсуществовании душ и апокатаксисе. Его сотериология тесным образом связана с понятием «образа и подобия Божия» в человеке, которые он усматривает в свободной воле и способности к познанию Бога. Грехопадение привело к тому, что человек потерял «образ и подобие Божие», хотя и сохранил свободу воли и естественное стремление к благу, которые мы видим на примерах ветхозаветных праведников и даже некоторых язычников. Но никто не был способен самостоятельно освободиться от последствий греха прародителей и примириться с Богом. Только Христос, став совершенным человеком и оставаясь совершенным Божеством, смог восстановить человеческую природу, вернув ей совершенные «образ и подобие Божие», утраченные Адамом. Благие же дары искупительной миссии Христа воспринимаются человеком только посредством Его невесты – церкви. Высоко ставя роль человеческой свободной воли в деле христианского подвига, Аппоний вместе с тем утверждает, что сам по себе человек бессилен творить благо, если он не имеет помощи Слова Божьего и Духа Истины. В своих взглядах на соотношение свободы и благодати он стоит на позиции доавгустинского западного богословия, и в его «Толковании» нет следов пелагианского спора. В экклезиологии Аппония наиболее важным моментом является идея примата апостола Петра, он называет его «начальником пастырей» и «наместником Христа». Однако наместничество на земле, принятое Петром, не идентифицируется у Аппония с властью Римского папы; «наместниками Бога» он называет и императоров. «Наместниками Петра» Аппоний (как и его современник Ахила Сполетанский) называет всех кафолических «священников и учителей». Учение Аппония о таинствах не отличается чёткостью и логичностью структуры. Он употребляет два термина: таинство (sacramentum) и тайна (mysteria); первый теснее связан с литургическим действием и обрядом, второй имеет более мистический характер; впрочем, часто термины пересекаются и взаимозаменяются. Наиболее важным из таинств для Аппония является крещение, в котором душа становится единым духом со Христом: «В водах всесвятого Крещения совершается славный брак Христа, Сына Божия, и Церкви». С крещением тесно связано миропамазание (Аппоний рассматривает их как одно таинство), через него верующие «исполняются Духа Святого» и вводятся в таинство евхаристии, которую Аппоний описывает, используя образы из Песни Песней, – мистического брака Христа и души христианина: в этом таинстве верующие «соединяют Его тело и Его кровь со своими собственными». Прообразом евхаристии в Ветхом Завете был пасхальный агнец. Покаяние связано с крещением как «новые и старые плоды» (Песн. 7:14); это плоды душевные, своеобразное обновление крещения. Аппоний рассматривает Песнь Песней как мистическое отражение истории Богооткровения.