Часть православного духовенства Уфимской епархии признала запрещение Андрея в служении и сочла неканоническими епископские хиротонии, совершённые им в Уфе после 1921 г. (когда он был назначен епископом Томским). Другая часть уфимской паствы на съезде православных клириков и мирян (16–19 октября 1927 г.), констатировав отсутствие документов, подтверждающих запрещение Андрея митрополитом Петром, признала его «архиепископом областной Церкви автономной Башкирской республики». В июне 1927 г. Андрей был вызван в Москву, арестован и 8 июля приговорён к трём годам ссылки в Казахстан, где продолжал совершать тайные хиротонии. Резко выступил против «Декларации» митрополита Сергия (Страгородского). 17 октября 1928 г. арестован в г. Кзыл-Орда, 18 января 1929 г. приговорён к трём годам тюремного заключения, которое отбывал в одиночной камере ярославского политизолятора. С 13 октября 1931 г. по апрель 1932 г. находился в Москве, посещал храмы непоминающих и церкви старообрядцев Белокриницкой иерархии. 14 апреля 1932 г. арестован по делу Московского филиала «Всесоюзного центра “Истинное Православие”», приговорён к трём годам ссылки в Казахстан. В 1932–1934 гг. находился в ссылке в Алма-Ате. В 1934 г. вызван в Москву, арестован и 14 мая 1934 г. приговорён к трём годам тюремного заключения, которое отбывал в ярославском политизоляторе. 27 марта 1937 г. осуждён ОСО при НКВД СССР на три года Исправительно-трудовых лагерей без права переписки, срок отбывал в Волголаге НКВД (г. Рыбинск). При пересмотре дела 3 сентября 1937 г. приговорён тройкой при УНКВД СССР по Ярославской области к расстрелу; расстрелян в тюрьме Ярославля. Андрей опубликовал более 100 статей и брошюр, оставил множество сочинений в рукописях, созданных в 1920–1930 гг. и посвящённых полемике с обновленчеством («Можно ли верить обновленцам? Житие обновленческого епископа Зосимы-Александра-Зосимы», «Десять писем о церковном обновлении» и проч.), церковно-государственном и внутрицерковным отношениям («Письма о церковно-общественной жизни», «Об истинно-церковной жизни и о подделках её (о православии со взломом)», «О радостях митрополита Сергия», «О модернизированной Церкви, или О сергиевском “Православии”», «О Церкви легальной и о церквях легальных» и проч.), духовной жизни христиан в условиях господства атеизма («О формах жизни и её содержании», «О покаянии и посте», «О деятельном христианстве», «О простоте и чистоте христианской жизни», «О жизненности христианства», «О содержании веры» и проч.), старообрядчеству («Десять писем о старообрядчестве», «История моего старообрядчества» и проч.). Андрей имел многочисленных почитателей среди клириков и мирян – «андреевцев», настроенных антиобновленчески и «антисергиански». Являлся автором термина «истинно православные христиане» и одним из вдохновителей движения ИПХ, к катакомбной церкви присоединилась значительная часть тайно хиротонисанных им архиереев: Вениамин (Троицкий), Иерофей (Афонин), Макарий (Васильев) и др. Андрей почитается в Уфимской и Казанской епархиях РПЦ. В 1981 г. канонизирован Русской православной церковью за границей.