14 ноября 1922 г. Андрей вернулся в Уфу и, ссылаясь на послание митрополита Агафангела, провозгласил автономию Уфимской епархии, утверждённую в декабре 1922 г. епархиальным съездом. Возглавил хиротонии (признанные впоследствии патриархом Тихоном) нескольких викарных епископов: Бирского Трофима (Якобчука), Стерлитамакского Марка (Боголюбова), Староуфимского Аввакума (Боровкова), Давлекановского Иоанна (Пояркова); викарии должны были осуществлять на практике самоуправление отдельных частей епархии. Существуют свидетельства о тайных хиротониях, совершённых им для разных епархий. Андрей активно выступал против обновленческого ВЦУ. 24 февраля 1923 г. арестован и осуждён на три года ссылки в Среднюю Азию. В ссылке по благословению патриарха Тихона совершал тайные архиерейские хиротонии и монашеские постриги. Тайно постриг в монашество будущего архиепископа Симферопольского Луку (Войно-Ясенецкого) и направил его в Пенджикент для осуществления над ним архиерейской хиротонии епископами Болховским Даниилом (Троицким) и Суздальским Василием (Зуммером). 17 апреля 1924 г. Андрей послал письмо патриарху Тихону, в котором призывал Первосвятителя к более решительным действиям против обновленчества и к скорейшей реформе церковной жизни на основе выборности духовенства, автономности епархий, создания вокруг приходов трудовых кооперативных общин. В 1925 г. возведён в сан архиепископа (?). 28 августа 1925 г. в Полторацке (современный Ашхабад) предпринял попытку соединения с беглопоповцами с совершением над собой миропомазания и произнесением «Исповедания веры». 16 сентября 1925 г. вместе с епископом Руфином рукоположил для беглопоповцев епископа Климента (Логинова), который не был принят своим согласием и присоединился к старообрядцам Белокриницкой иерархии в сущем сане с поручением ему временного заведования приходами Иркутской епархии. В начале 1926 г. Андрей вернулся в Уфу, не признал Местоблюстительства митрополита Петра (Полянского), позднее – заместительства митрополита Сергия (Страгородского) и созданного при митрополите Сергии Временного Патриаршего Священного Синода: «Я в силу 76 апостольского правила и 23 правила Антиохийского Собора не могу признать передачи управления всею Русскою Церковью по каким-то тайным духовным завещаниям. Эта игра в завещания совсем не канонична... Я не считаю митрополита Петра Крутицкого способным понимать церковную жизнь… Митрополита Сергия, человека крупных способностей, я считаю способным на всякие компромиссы. С распутинцами он был распутинец – без малейших протестов – целых 14 лет. В 1922 году с живоцерковниками он стал живоцерковником, позорно признав ВЦУ и изменив Патриарху Тихону, признал разбойника Варавву». Письмом митрополита Сергия от 26 апреля 1926 г. прихожане Симеоновской церкви Уфы уведомлялись, что указом митрополита Петра Андрей запрещён в служении «за общение с беглопоповцами и принятие от них помазания миром, за незаконные хиротонии» и что его дело «будет предметом особого суждения православных архиереев». Однако расследование, проведённое тремя викариями Уфимской епархии (февраль 1927 г.), не выявило документов о запрещении Андрея митрополитом Петром.