В 1918 г. Андрей составил «Письма к верующим большевикам», к «тем русским людям, которые запутались в социалистических тенетах и задыхаются в партийной ненависти и не знают, как выбраться на верный путь жизни». До революции жёстко критиковавший социализм, Андрей с 1917 г. приспосабливал терминологию своих проповедей к новой общественно-политической действительности, провозглашая, например, «истинный социализм духа» (христианство) в противовес политическому социализму (большевизму). В 1918 г. в Уфе он отлучил от причастия «грабителей чужих имений», резко высказывался против «злобы и жестокости Красной Армии», против засилья в рядах большевиков «нерусских людей», поддержал восстание Чехословацкого корпуса, освободившего Уфу от большевиков. В сентябре 1918 г. реорганизовал «Заволжский летописец» в журнал «Народ-хозяин», основал и редактировал журнал «Уфимский церковно-народный голос», а также журнал «За родную землю», в котором публиковал «Письма к русскому народу». Поддержал создание антибольшевистского Временного всероссийского правительства (Уфимской директории) на Уфимском государственном совещании 23 сентября 1918 г., формирование Добровольческой армии. В ноябре 1918 г. на Сибирском церковном совещании в Томске Андрей был избран членом Высшего временного церковного управления Сибири, с ноября 1918 г. по октябрь 1919 г. возглавлял духовенство третьей армии адмирала Александра Васильевича Колчака (1874–1920 гг.). В январе 1919 г. уфимскими единоверцами Андрей был заочно избран единоверческим епископом Саткинским. В феврале 1920 г. арестован в г. Новониколаевске (современный Новосибирск), освобождён после заявления 4 ноября 1920 г. о лояльности советской власти. 28 февраля 1921 г. вновь арестован в Омске за призыв «организовывать крестьянские союзы», в тюрьме заболел цингой. 5 ноября 1921 г. переведён в Бутырскую тюрьму Москвы. В 1921 г. указом Патриарха Московского и всея России Тихона назначен епископом Томским, но на кафедру не прибыл, поскольку находился в заключении. В августе 1922 г. Андрей был внезапно оправдан советской властью в надежде на поддержку им обновленчества и на участие в первом съезде «Живой церкви». 10 августа в газете «Правда» было опубликовано письмо Андрея «Во имя правды», в котором говорилось: «Считаю моё освобождение Московским трибуналом актом глубокого великодушия по отношению ко мне и государственной мудрости. Ныне уфимские проекты… да будут нормой русской религиозно-общественной жизни и христиан, и евреев, и мусульман на территории РСФСР». Через неделю после освобождения Андрей заболел психическим расстройством, лечился в частной московской клинике. 9 мая 1922 г. был арестован патриарх Тихон, 18 июня с посланием «К архипастырям, пастырям и всем чадам Русской Православной Церкви» обратился Заместитель патриарха митрополит Агафангел (Преображенский), призывавший епархиальных архиереев не подчиняться обновленческому Высшему церковному управлению (ВЦУ) и временно управлять своими епархиями самостоятельно.