В Богословском институте Ф.К. Андреев прочёл за первый учебный год курс лекций по христианской апологетике (81 лекция), в 1921/1922 учебном году – 83 лекции по патрологии. Вместе с Николаем Онуфриевичем Лосским (1870–1965 гг.), а затем с Виталием Степановичем Серебренниковым руководил философско-апологетическим кружком. В эти годы Ф.К. Андреев активно занимался просветительской деятельностью, выступал с лекциями на религиозно-философские темы в Доме учёных, на Василеостровских богословских курсах, на Богословских курсах при эстонской церкви, регулярно участвовал в обсуждении докладов на собраниях Златоустовского кружка при Александро-Невской лавре. Весной 1920 г. он выступил с докладом о Святой Софии, в 1922 г. дискутировал в Доме учёных по проблеме зла с профессором Н.О. Лосским после его доклада «О природе сатанинской». Многие лекции и выступления Ф.К. Андреева были посвящены борьбе с усилившимся в это время влиянием на интеллигенцию униатства. Распространявшееся позже утверждение известного деятеля обновленчества В.Ф. Платонова о «приверженности Ф.К. Андреева соловьёвству» и даже о «проповеди католичества» исследователями признаётся клеветой. Ф.К. Андреев принимал активное участие в идейной борьбе с обновленчеством. В это время у него сложились взгляды, которые впоследствии привели к отложению от Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). В письме к священнику Павлу Флоренскому от 12 октября 1922 г. он писал: «Готовлюсь к пастырству, но старцы (оптинские и иные) велят ждать «до умиротворения» церковного, если сможешь, напиши, как ты смотришь на церковные дела. Наша позиция непримиримая (т.е. в отношении к ВЦУ и её возрожденским исчадиям), практически же автокефальнуем, но готовы и на полный выход из видимой Церкви, если бы она оказалась антиканонической. Иначе говоря, держимся взглядов М. Ал-ча [Новосёлова], который недавно нас тут наставлял». 23 июля 1922 г. Ф.К. Андреев вступил в брак с Натальей Николаевной Фроловской (1897–1970 гг.). 17 декабря 1922 г. рукоположён во диакона, 19 декабря 1922 г. – во священника епископом Петергофским Николаем (Ярушевичем), служил в петроградском Казанском соборе, затем в Сергиевском артиллерийском соборе. В 1927 г. возведён в сан протоиерея, в 1927–1929 гг. состоял в клире собора Воскресения Христова («Спас-на-крови»), пользовался огромным авторитетом; его проповеди записывались и распространялись среди верующих. Подход к церкви как к живому организму, строгая требовательность к себе и окружающим, простота обращения при глубокой образованности – всё это привлекало к о. Феодору многочисленных прихожан из интеллигенции.