Рассматривая Московскую духовную академию как оплот борьбы с западными рационалистическими учениями, он находил много точек соприкосновения между интересами светских и церковных мыслителей. В статье «Слово на день поминовения почивших наставников МДА» сравнивал Фёдора Александровича Голубинского (1797–1854 гг.), Александра Васильевича Горского (1812–1875 гг.) и других русских учёных с западными мыслителями XIX – начала XX в. (Фридрихом Вильгельмом Йзефом фон Шеллингом, Георгом Вильгельмом Фридрихом Гегелем, Анри Бергсоном) и отмечал присущее отечественным религиозным философам благочестие. Памяти Алексея Ивановича Введенского (1861–1913 гг.) Ф.К. Андреев посвятил работу «Камень, отвергнутый строителями: Сто лет борьбы за онтологизм», в которой противопоставлял проникнутую онтологизмом философию А.И. Введенского и других профессоров Московской духовной академии рационализму Рене Декарта, критицизму Иммануила Канта и его последователей. В 1913–1918 гг. Ф.К. Андреев был доцентом Московской духовной академии по кафедре систематической философии и логики, став преемником скончавшегося А.И. Введенского. Рекомендуя его на эту должность, С.С. Глаголев и священник Павел Флоренский отмечали помимо научных успехов Ф.К. Андреева его глубокую религиозность, «его скромность, его возвышенно-идеалистическое направление». Перед утверждением на кафедру Ф.К. Андреев прочитал пробные лекции «Московские шеллингианцы и “Вертер”» и «Ранние сочинения Канта» (архив семьи Андреевых), в которых продемонстрировал умение сравнивать литературные и философские материалы, способность раскрыть религиозное своеобразие рассматриваемых философов. В годы преподавания в Московской духовной академии Ф.К. Андреев проявил себя твёрдым сторонником церковности, неизменно поддерживая ректора академии епископа Волоколамского Феодора (Поздеевского) и священника Павла Флоренского в их противостоянии группе либералов во главе с Михаилом Михайловичем Тареевым (1867–1934 гг.). После Октябрьской революции 1917 г. Ф.К. Андреев решил целиком посвятить себя церкви, для него, по его словам, наступило «время самоопределения». В 1918 г. сотрудничал с православным журналом «Возрождение», где появились его статьи «Памяти Владимира Соловьёва» и «Преображение Господне». Вернувшись в Петроград, Ф.К. Андреев в 1919–1922 гг. преподавал русскую словесность в Михайловском артиллерийском училище, был помощником заведующего Богословско-пастырским училищем И.П. Щербова и профессором кафедры христианской апологетики Петроградского Богословского института (с 18 июля 1922 г. – заместитель проректора).