Так в противоположность атеистическому трансцендентализму С.А. Алексеев пытался утвердить основания христианской философии. Он оценивал революцию 1917 г. как разнуздывание звериного начала в человеке, приуготовляющего приход апокалиптического зверя («Религиозный смысл русской революции»). В 1920 гг. С.А. Алексеев считал, что время гносеологических небоскрёбов прошло, и занимался проблемами онтологии и религии. В последних работах «Четыре разговора» и «Мысленный образ Христа» (около 1936–1937 гг.) С.А. Алексеев задавался вопросом, почему христианство «подтачивается и тает» и в Европе, и в России, и видел причину в «высокомерном и самоуверенном» ортодоксальном консерватизме. Охранительство авторитета старины, по его мнению, и спасительно, и губительно: то, что было спасительно в древности, стало губительно в поздние времена. В «голосе церкви» (у отцов и учителей церкви, в постановлениях Вселенских соборов) нет ответов на новые вопросы. Представление о «чистом откровении» является, считал С.А. Алексеев, монофизитством. Откровения и авторитеты не абсолютны и не «беспримесно Божественны». Никакой вид откровения не свободен от аберраций, зависящих от человека. Богооткровение подобно посеву зёрен, которое продолжается, «пусть слабее, прикровеннее и более окутанное человеческим», например, у Фёдора Михайловича Достоевского (1821–1881 гг.), Владимира Сергеевича Соловьёва, некоторых мистиков, поэтов, композиторов. Следует учитывать, говорил С.А. Алексеев, и человеческую природу Христа, не только телесную, но и «в уме, в душе и в духе Спасителя», Который принял на Себя «тяжесть ограничения Своего взора человеческим неведением», наряду с которым были «прорывы Божественного ведения». Христос предрекал скорый конец мира и «миновал проблемы устроения христианского государства»: «Его проповедь была лишь приготовлением к концу, а вовсе не руководством к тому, как жить общественно две тысячи лет вперёд» («Мысленный образ Христа»). Церковь, считал С.А. Алексеев, должна подавать свой авторитетный голос по всем общественным вопросам. Если этого не делалось, то пустующее место заполняли безрелигиозные, а то и враждебные христианству партии: «Кто имеет в душе образ Христа, всех Его действий и чудес, кто верит в Его Воскресение, тот уже имеет самое главное, тот уже христианин». В остальном следует предоставить свободу мнений. Нужно «новое богословствование», восполняющее христианство в применении к новым человеческим запросам. В этих построениях С.А. Алексеева проглядывает неизжитое «новое религиозное сознание». И.М. Андреевский свидетельствовал, что в конце жизни С.А. Алексеев принадлежал «к консервативному охранительному Православию о. Иоанна Кронштадтского».