Скит имел своё хозяйство – конюшни, кузницу, скотный двор и др. Развивался промысел рыбы и морского зверя. У входа в Троицкую губу в 1875 г. была открыта Троицкая спасательная станция, старшина и гребцы выбирались из числа братии Соловецкого монастыря. К началу XX в. Анзерский Елеазаров скит стал местом активного паломничества, на берегу Троицкой губы были построены валунная пристань, гостиница, баня. В начале XX в. здесь проживало семь монахов и три послушника под управлением иеромонахов-строителей. В Анзерском Елеазарове ските находилась богатая библиотека, основателем которой был преподобный Елеазар. В Соловецком собрании РНБ хранятся десять рукописей из Анзерской библиотеки с записями о принадлежности их Елеазару. Содержание записей разнообразно: о принадлежности книг келейной библиотеке преподобного, покупке им рукописей в Соловецком монастыре, переписке им лично рукописей. По описи Анзерского Елеазарова скита, составленной соловецким архимандритом Макарием 12 июля 1676 г., библиотека скита насчитывала более 200 старопечатных и рукописных книг. Среди святынь скита почиталась икона Нерукотворного Образа Спасителя, написанная, по преданию, преподобный Елеазаром в 1624 г. В 1854 г. образ был поставлен над Святыми вратами Соловецкого монастыря (местонахождение после 1921 г. неизвестно). Анзерский Елеазаров скит был закрыт в 1920 г. По свидетельству «Приёмно-сдаточной описи зданий и сооружений на Анзерском острове», составленной летом 1923 г. при передаче архипелага в ведение ОГПУ, в ските насчитывалось 18 каменных и деревянных построек (в 1923–1939 гг. в них размещалась штрафная командировка СЛОН). В 1924 г. в Анзерский Елеазаров скит привезли первых «политических» заключённых (около 70 чел.), но в 1925 г. их вывезли в лагеря на материк. Вместо «политических» в качестве наказания из штрафного изолятора на Заяцких островах в бывший скит привезли женщин и кормящих матерей, родивших детей на Соловках (так называемых мамок). Кормящие матери жили в главном корпусе, там же в 1929–1931 гг. разместили заключённых монахинь, а в амбаре по соседству – проституток. В Анзерском Елеазарове ските располагался лагерный театр, выпускалась газета «Красный Анзер». В 1929 г. в бывший скит сослали большую группу православного и католического духовенства, в 1932 г. оставшихся в живых священнослужителей вернули на Большой Соловецкий остров. На территории бывшего скита находилась также молочная ферма (до 60 коров), огороды и парники. Сельским хозяйством занимались, в основном, женщины. Заключённые жили в деревянных зданиях; охрана, начальство и заключённые (бывшие сотрудники ОГПУ-НКВД) размещались в главном каменном доме. В 1937 г. бывший келейный корпус с церковью был переоборудован под тюрьму. С 1929 г. в помещениях бывшей спасательной станции, ставшей секретной «командировкой» лагеря, находились в заключении многие церковные иерархи. В монастырских корпусах на берегу Капорского озера, предназначавшихся в XIX в. для косарей и рыбаков, по свидетельству лагерного врача, в 1929 г. также содержались иерархи РПЦ.