Указом царя Михаила Феодоровича от 7 февраля 1628 г. Анзерскому Елеазарову скиту предписывалось иметь 20 чел. братии, которые содержались на доходы от двинских угодий. Царским же указом от 31 июля 1633 г. скиту была дарована независимость от монастыря с разрешением братии избирать строителей из своей среды; соловецкому игумену предписывалось не вмешиваться в управление скитом и не запрещать братии монастыря при желании переходить в скит. Двинский воевода обязывался своевременно высылать в скит назначенное содержание. В 1635–1639 гг. насельником скита и учеником Елеазара был Никон (Минов), впоследствии Патриарх Московский и всея Руси. Будучи патриархом, Никон оказывал покровительство скиту: в 1655 г. исходатайствовал у царя отпускать обители в год один пуд ладана, три пуда воска, три ведра вина, четыре четверти муки для просфор, к жалованью каждому насельнику было прибавлено по 1 руб. В период Соловецкого восстания 1667–1676 гг. монастырь получал продовольственную помощь от скита. В 1670 г. Анзерский Елеазаров скит продал монастырю 146 пудов свежепросоленной щуки, несколько сот сигов и 320 пудов трески. В июне 1674 г. анзерские старцы Авраамий и Александр с иеродиаконом Питиримом выступили посредниками в переговорах воеводы Ивана Алексеевича Мещеринова с затворившимися в монастыре восставшими (это была последняя попытка урегулировать конфликт мирным путём). Во время боевых действий скит был разорён, насельники покинули остров. В 1682 г. грамотой Холмогорского архиепископа Афанасия (Любимова) Анзерский Елеазаров скит был вновь приписан к Соловецкой обители, настоятелям которой поручалось строжайшее наблюдение за скитской братией. Для улучшения материального положения находившегося в запустении скита архиепископ Афанасий в 1698 г. учредил в нём должность казначея, назначаемого из Соловецкого монастыря. К началу XVIII в. в скиту насчитывалось 17 монахов, на их содержание вместо ружного и денежного жалованья Пётр I повелел выдавать 145 р. 24 алтына в год. Финансовое и духовное положение Анзерского Елеазарова скита улучшилось, когда в 1706 г. в него по благословению соловецкого архимандрита Фирса (Шарапова) был назначен новый строитель – монах Иов. После секуляризации монастырских земель в 1764 г. Анзерский Елеазаров скит был приписан к Соловецкому монастырю с назначением строителя и определением числа насельников – 12 чел. В 1729–1730 гг. в скиту была выстроена деревянная церковь во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, в которую «за теснотою» из старого деревянного Троицкого храма были перенесены приделы преподобного Михаила Малеина и иконы Божьей Матери «Знамение». В 1740–1743 гг. приезжие каменщики Ф. Иванов и Я. Прокофьев разобрали обветшавший Троицкий храм и на его месте возвели новый, с 8-гранным барабаном. В 1880–1884 гг. Троицкая церковь была вновь перестроена по проекту архангельского архитектора Г. Введенского. Новый храм, сохранившийся до настоящего времени, был возведён на месте часовни преподобного Елеазара, над его могилой (в 1925 г. его мощи были вскрыты и вывезены с острова, их местонахождение неизвестно). В 1803 г. был построен примыкавший к Троицкому храму 2-этажный корпус братских келий, над ним – каменная колокольня с семью колоколами, в 1843 г. – новый жилой корпус. За оградой скита находился деревянный 2-этажный корпус для трудников и паломников.