Монахи скита апостола Андрея не стояли в стороне от общего стремления русских святогорцев добиться независимости от греков как в каноническом, так и в материальном отношении. Так, посетивший Афон в июне 1887 г. российский генеральный консул в Македонии Иван Степанович Ястребов (1839–1894 гг.) отмечал, что андреевцы, ранее отличавшиеся тактичностью политики по отношению к Ватопеду, в последнее время стремятся получить часть его пристани в свою собственность и тем самым стать полностью независимыми от него. В 1860 г. в Константинополе была нанята квартира для паломников, следующих на Афон, где было устроено первое подворье скита с ежедневными богослужениями по афонскому уставу; в 1871 г. для размещения подворья был приобретён дом, сгоревший в декабре 1887 г. В 1888 г. начата постройка нового подворья с церковью во имя Казанской иконы Божьей Матери вместо сгоревшего. 25 ноября 1874 г. житель г. Ростова-на-Дону Григорий Григорьевич Адмиральский отказал в пользу скита апостола Андрея участок земли в Ростове-на-Дону с недвижимым имуществом (утверждён за скитом 21 апреля 1881 г.), на котором было создано подворье скита. 2 июля 1879 г. скит апостола Андрея получил в дар от купчихи г. Павловска Анны Ульяновны Джамусовой участок земли с постройками в Санкт-Петербурге, на Песках, на углу Пятой и Дегтярной ул. (утверждён за скитом 18–27 октября 1878 г., участок увеличен в 1890 г. за счёт дара Александра Алексеевича Джамусова). 11 мая 1889 г. на территории Санкт-Петербургского подворья было начато сооружение церкви во имя Благовещения Пресвятой Богородицы в память чудесного спасения императорской семьи при крушении поезда на станции Борки 17 октября 1888 г.; 19 февраля 1890 г. из скита апостола Андрея в этот храм была отправлена чудотворная икона Божьей Матери «В скорбех и печалех Утешение» и части святых мощей. 6 февраля 1882 г. липецкий купец Иван Петрович Летунов пожертвовал обители участок земли с постройками в Одессе, на углу Рыбной ул. и Тюремного пер., где с 1874 г. размещалось подворье скита апостола Андрея (участок утверждён за скитом 28 апреля 1882 г.). В 1883 г. на подворье был построен дом для паломников, следующих в Иерусалим, на Синай и Афон, в 1886–1887 гг. – дом с церковью во имя Сергия Радонежского, покровителя великого князя Сергея Александровича, председателя императорского Палестинского православного общества, 12 октября 1893 г. освящена вторая, нижняя, церковь во имя апостола Андрея Первозванного. Скит апостола Андрея владел также участком земли в Македонии, приобретённым в 1869 г. В скиту хранились многочисленные святыни: несколько частиц Животворящего Древа Креста Господня, две частицы от главы и частица от локтя правой руки апостола Андрея Первозванного, частицы мощей архидиакона Стефана, апостолов Филиппа и Варнавы, Иоанна Златоуста, великомученика Пантелеимона, священномучеников Харлампия и Власия, святителя Модеста, Иерусалимского патриарха, сорока святых мучеников Севастийских, Григория Синаита, Нила Мироточивого, мученика Трифона, мученика Димитрия Нового, мученика Михаила, иже в обители Саввы Освященного, преподобномучеников Афонских Евфимия, Игнатия и Акакия, преподобномученицы Марины, капля крови и часть мира великомученика Димитрия Солунского, три части от даров, принесённых волхвами в Вифлеем при Рождестве Христове, частицы от мощей русских святых: Александра Невского, Сергия Радонежского, Митрофана Воронежского, Серафима Саровского, а также чудотворная икона Божьей Матери «В скорбех и печалех Утешение», от которой совершилось много чудес во время пребывания её в России в 1863, 1879 и 1882 гг. (с 1890 г. в скиту апостола Андрея находился список с иконы, а сама она – на подворье скита в Санкт-Петербурге).