В 1882 г. с восточной стороны скита апостола Андрея, близ кладбища, была воздвигнута 2-этажная церковь (верхняя – во имя Николая Чудотворца, нижняя – во имя трёх святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста) и 2-этажный корпус для иноков, избравших подвиг уединения. В следующем году в скиту были закончены работы по расширению братской трапезной и строительству церкви во имя Святой Троицы (Авраамова странноприимства под дубом Мамврийским), начатые в 1873 г. В 1884 г. сооружён 3-этажный корпус по северо-восточному фасаду скита апостола Андрея, в котором разместились столярни, токарни, кладовые и кельи. В 1887 г. на западной стороне скита был построен 3-этажный корпус с церковью во имя Успения Пресвятой Богородицы (богослужения с 15 августа 1889 г.), с кельями молчальника-схимника Андрея и кладовыми. С 1 января 1887 г. скит апостола Андрея издавал журнал «Наставления и утешение св. веры христианской» (скит выпускал также «Афонские листки», «Стенные листки», службы различным святым, акафисты, отдельные жития святых). 23 апреля 1887 г. был избран новый настоятель – иеросхимонах Феоклит (Поздеев), архимандрит Феодорит отбыл на лечение в Одессу, где скончался. В мае 1887 г. начато строительство новой братской трапезной с церковью вместо сгоревшей 9–10 марта, трапезная освящена в ноябре того же года, церковь – в 1889 г. 22 октября 1889 г. скит апостола Андрея торжественно праздновал своё 50-летие, 1 апреля 1890 г. Святейший Синод РПЦ наградил иеросхимонаха Феоклита напёрсным крестом. 1 февраля 1892 г. настоятелем скита был избран архимандрит Иосиф (Беляев), который ранее был настоятелем Санкт-Петербургского подворья. В начале XX в. на средства схимника Иннокентия (Сибирякова), владельца золотых приисков, принявшего иночество на Афоне, в скиту апостола Андрея был сооружён больничный корпус с церковью во имя Иннокентия Иркутского; также построены храм во имя Михаила Клопского, св. великомученицы Варвары и Давида Солунского при келье схимника Иннокентия, церковь во имя пророка Илии при водяной мельнице, ктиторский храм во имя преподобных Виссариона и Варсонофия, священномученика Феодорита и св. мученика Феоклита, братские и подсобные корпуса; устроены памятники над могилой иеросхимонаха Виссариона и в память всех почивших братий. В 1909 г., при настоятеле иеромонахе Иерониме (Силине; 1908–1913 гг.), на средства астраханского купца Ивана Ивановича Губина была перестроена церковь во имя Всех святых и братская усыпальница. В 1910 г. начата перестройка гостиничного корпуса с церковью во имя преподобного Сампсона странноприимца. В 1903 г. в скиту апостола Андрея насчитывалось около 500 монахов, в 1912 г. – около 700. Каждую субботу и воскресенье скит посещали от 100 до 300 пустынников, в храмовые праздники (19 ноября – иконы «В скорбех и печалех Утешение», 30 ноября – апостола Андрея Первозванного, 17 января – Антония Великого) в скит приходило до 2 тыс. монашествующих и мирян. В скиту апостола Андрея имелись многочисленные мастерские: иконописная, столярная, слесарная, портняжная, собственная фотография, больница, аптека, склад изданий. Резкое увеличение числа русских монахов на Афоне стало причиной обострения отношений между русскими и греками.