Отдавая себе отчёт в том положительном заряде, который несло и придавало той или иной инициативе уже одно его имя, С.С. Аверинцев редко отказывал в такого рода виртуальной поддержке многоразличным проектам, если находил их хорошими. Его научная и общественная деятельность нашла поистине мировое признание. С.С. Аверинцев являлся членом Европейской академии (Academia Europaea, 1991 г.), Всемирной академии культуры (Academie universelle des cultures, 1992 г.), Папской академии общественных наук (1992 г.), Национальной академии Украины (2000 г.), почётным доктором Scientiarum Ecclesiasticarum Папского Восточного института в Риме (1992 г.), Киево-Могилянской Академии в Киеве (1998 г.), Софийского университета (1998 г.) и Европейского университета в Минске (2000 г.), членом Международного общества о. Павла Флоренского. С.С. Аверинцев – лауреат премии Ленинского комсомола (1968 г.), Государственной премии СССР (1990 г.), премии «Триумф» (1992 г.), Государственной премии Российской Федерации (1996 г.), премии журнала «Новый мир» (1999 г.), а также международной премии имени Леопольда Лукаса (1995 г.), присуждаемой Тюбингенским университетом за усилия, направленные на сближение народов и культур, и премии «За диалог между культурными вселенными», присуждённой в 2001 г. Фондом Джованни Аньелли (Турин) за заслуги в утверждении ценностей демократии и правового государства в современной России. Он охотно и часто читал лекции и выступал с докладами во многих российских и зарубежных аудиториях. Ещё в советское время, в трудные 1960–1980 гг. на них ходило множество людей, подчас не имевших отношения к философии или и филологии. Ими двигало не только желание узнать что-то новое и интересное, но ещё и потребность удостовериться в том, что ещё существует внутренне свободная интеллектуальная мысль. И в этом смысле С.С. Аверинцев был не просто блестящим представителем российской культурной традиции и интеллектуалом мирового класса, но и настоящим духовным лидером советской и российской интеллигенции. Он называл Александра Меня «миссионером для племени интеллигентов». Самого же С.С. Аверинцева исследователи называют одним из вождей этого племени, но только не в организационном, а в высшем плане – плане интеллектуальной, подлинно духовной самостоятельности и состоятельности. В последние годы круг его интересов (как это ни удивительно) ещё больше расширился. Он интересовался вопросами семьи и воспитания и находил, что то, с чем сейчас столкнулось человечество, есть кризис культуры как системы воспитания (буквально – культивирования, «возделывания») ума, души, духа. Постмодернистский подход к культуре как к некой совокупной продукции искусства, науки, философии и т.п. С.С. Аверинцев решительно отвергал и с большой тревогой рассуждал о пирровой победе современного постмодернизма. Он полагал, что любое конкретное событие обязательно нуждается в осмыслении, в рефлексии, но такой, чтобы определённость не переходила в упрощение, а чуткость к нюансам – в релятивизм. В конце мая 2003 г. С.С. Аверинцев был избран действительным членом Российской академии наук, но этой новости фактически не узнал: 3 мая, в Риме, где он был на конференции «Италия и Петербург», с ним случился обширный инфаркт, и он впал в кому. Последние девять месяцев (балансируя на грани жизни и смерти) он провёл в больницах Рима, Инсбрука и Вены (в январе его перевели из больницы домой). Состояние оставалось относительно стабильным, что давало хотя и призрачную, но всё-таки надежду. Всё это время (как и во все времена) с ним рядом была жена, Наталья Петровна, мужественно и подвижнически (и в то же время «с лёгкой душой») переносившая все нравственные и физические тяготы ухода за тяжело больным мужем. 21 февраля 2004 г. Сергея Сергеевича Аверинцева не стало. Урна с прахом учёного (согласно его завещанию) была перевезена в Москву и захоронена на Даниловском кладбище.