На волне горбачёвской перестройки и гласности C.С. Аверинцев был избран членом-корреспондентом АН СССР (РАН) по Отделению литературы и языка (23 декабря 1987 г.). В 1985 г. он был принят в Союз писателей СССР. В начале 1990 гг. его избирают президентом Ассоциации культурологов и Библейского общества (1990–1991 гг.), а в январе 1991 г. – председателем международного Мандельштамовского общества. В декабре 1991 г. С.С. Аверинцев перешёл в МГУ, где заведовал отделением Института истории мировой культуры и преподавал на философском факультете. В 1990 гг. тесно сотрудничал с РГГУ, в частности, с Институтом высших гуманитарных исследований и по линии Мандельштамовского общества, бессменным председателем которого являлся. Это было время его активнейших занятий исторической поэтикой и русской поэзией (Вячеслав Иванов, Осип Мандельштам, Александр Пушкин – в сопоставлении с Гёте). Одна за другой выходят многочисленные статьи и книги учёного – «Риторика и истоки европейской литературной традиции» (1996 г.), «Поэты» (1996 г.), «София-Логос» (1999; 2001 гг.), «От слова к смыслу» (2001 г.), «Скворешниц вольный гражданин». Вячеслав Иванов: путь поэта между мирами» (2001 г.) и др. Начиная с декабря 1994 г., работу в Москве С.С. Аверинцев совмещал с профессурой в Институте славистики Венского университета. Его сводную библиографию ещё предстоит составить, но её самая приблизительна оценка указывает как минимум на 650 наименований. Основные направления научных исследований С.С. Аверинцева – история позднеантичной, раннехристианской, византийской, европейской и русской культур и литератур, история богословской и философской мысли, христианская традиция в европейской мысли и литературе, новозаветная литература на фоне позднеантичной культуры, патристика, средневековая христианская гимнография и агиография, византийская литература и философия, схоластика, историческая поэтика, немецкая литература романтизма (К. Брентано) и неоромантизма (Г. Тракль, Г. Гессе). Характерными для его научного стиля были отталкивание «от текста» в сочетании с острой литературно-критической аналитичностью и поистине ренессансной эрудицией, а также подчёркнутое внимание к проблемам взаимодействия различных культур и религий. По замечанию философа Алексея Фёдоровича Лосева (1893–1988 гг.), С.С. Аверинцев акцентирует в составе гуманитарного знания момент человеческого понимания, не сводимого ни к субъективно эстетическому чувствованию, ни к рационалистическому исчислению. При этом объект анализа берётся в перспективе современной духовной ориентации, постигается внутри ситуации диалога исследователя с автором. Литературное слово истолковывается им как человеческий жест, а стиль – как жизненная установка. С.С.Аверинцев – автор многочисленных переводов древних (с древнегреческого, латинского, древнееврейского и сирийского языков) и современных авторов (с немецкого, французского и польского языков). Исследователи особо выделяют его переводы трёх евангелистов, а также Каллимаха, Платона, Плутарха, Гёльдерлина, Гессе, Тракля и Бенна. Начиная с 1980 гг., С.С. Аверинцев писал и собственные духовные стихи, ориентирующиеся на европейский фольклор и поэзию («Стихи духовные», 2001 г.), а в последние годы – шуточные и иронические стихи. Востребованность С.С. Аверинцева и за рамками обширной и непрерывной научной работы оказалась настолько значительной и многосторонней, что его общественная деятельность исследователям с трудом поддаётся учёту. В разное время он являлся членом попечительских советов АО «Общественное российское телевидение» (с 1994 г.) и Свято-Филаретовского православно-христианского института, входил в состав редколлегий или общественных советов издательства «Большая Российская энциклопедия» (с 1996 г.), а также многочисленных периодических изданий – «Альфа и Омега» (с 1994 г.), «Вестник древней истории», «Вестник Русского христианского движения», «Знамя», «Иностранная литература», «Литературная газета» (1990–1997 гг.), «Наше наследие», «Независимая газета», «Новая Европа», «Новый мир» (с 1996 г.), «Православная община», «Родина», «Символ» (Париж), «Человек», «Arbor mundi. Мировое древо» и др.