В 1539–1548 гг. он и его помощники создали тридцать шесть рельефов, украшающих так называемые верхние скамьи на правой стороне толедского хора (левая сторона исполнена Фелипе Бигарни в 1538–1542 гг.). На спинках скамей Берругете поместил рельефные изображения пророков и святых из орехового дерева. Представленные в рост в сложных позах и поворотах, в беспокойно развевающихся одеждах, фигуры благородных пропорций полны стремительного движения. Среди этих напряженных силуэтов мягким ритмом объемов и гибких линий привлекает Ева, редкий для испанской скульптуры образ чувственной прелести. Обрубок крупного дерева у ее ног создает ощущение таинственной витальной силы. На узкой стороне хора Берругете завершил работу Фелипе Бигарни над епископским местом и поместил над ним редкую по смелости скульптурную группу из алебастра «Преображение» (1543–1548 гг.) в легком архитектурном обрамлении. Трудно представить себе, что руке одного мастера принадлежат двухмерные, уплотненные и намеренно архаизирующие рельефы ранних алтарей и что это произведение, активно и свободно включенное в окружающее пространство и словно охваченное вихревым волнообразным движением. Однако на примере творчества Берругете можно судить о столь типичной для искусства стран Пиренейского полуострова совмещенности стадий развития, что создавало возможность стремительного перехода от поздней готики к формам, предвосхищающим барокко. Самое позднее произведение Берругете – мраморная гробница кардинала Хуана Таверы в толедском госпитале де Афуэра – была завершена скульптором в год его смерти в Толедо. Обратившись к традиции импозантной ренессансной гробницы с ее чувством уравновешенной и полновесной пластической формы, обнаружив виртуозное мастерство в обработке полированного мрамора, мастер внес неожиданные акценты в трактовку угловатых женских фигур, рельефов на боковых сторонах, полных движения и фантазии. Вне классической традиции оказалась характеристика лица усопшего, отмеченная чертами сурового реализма. Мастера такого масштаба и настолько близкого национальным вкусам Испания той поры еще не знала, и не случайно уже современники признавали Алонсо Берругете самым выдающимся национальным скульптором. Влияние его искусства на испанскую пластику второй половины XVI в. не пошло дальше внешнего подражания.