Трудился он и над преобразованием приходской жизни, развивая в ней принцип соборности, немало занимался и благотворительностью. В 1912 г. Агафангел награждается бриллиантовым крестом на клобук. В Постановлении о награждении подчеркивалась его неизменная благожелательность к духовенству и мирянам, соединенная с твердостью. С 1913 г. он был назначен на Ярославскую и Ростовскую кафедру. Вскоре его возводят в сан митрополита. Начавшаяся летом 1914 г. война не дала ему полностью отдаться мирной архипастырской деятельности. Агафангел организовывает госпитали, отправляет священников в действующую армию. В 1917-1918 гг. он является членом Предсоборного присутствия и затем членом Поместного собора. С 1918 г. он – член Высшего Церковного Управления и Священного Синода при патриархе Тихоне. 12 мая 1922 г. патриарх Тихон, будучи в заточении, категорически отверг требования группы обновленцев о передаче им полномочий на высшее церковное управление. Он передал грамоту на право замещения митрополиту Агафангелу. 3 июня 1922 г. появляется так называемый «Меморандум трех» за подписью митрополита Сергия (Страгородского) и архиепископов Евдокима (Мещерского) и Серафима (Мещерякова), где заявлялось, что обновленческое ВЦУ является «единственной канонически законной церковной властью». Все пастыри призывались считать распоряжения ВЦУ «законными и обязательными» (позднее митрополит Сергий (Страгородский) покаялся в этом поступке). В этот труднейший и опаснейший момент митрополит Агафангел 5 июня 1922 г. издает Послание о своем вступлении во временное управление Русской православной церковью, где призывает верующих хранить в чистоте устои церкви и остерегаться тех, кто пытается незаконно узурпировать церковную власть. За свое сопротивление обновленцам в их попытке захватить церковную власть он немедленно подвергается аресту. В конце 1922 г. больной старец, после заключения в ряде тюрем, отправляется общим этапом с уголовными преступниками в 3-летнюю ссылку в поселок Колпашев Нарымского края (Томская губерния). В своем завещании патриарх Тихон называет митрополита Агафангела вторым кандидатом на должность Местоблюстителя патриаршего престола. Ко времени окончания ссылки Агафангела были арестованы два других Патриарших Местоблюстителя – священномученики митрополит Петр (Полянский) и митрополит Кирилл (Смирнов). Органы ГПУ пытались поставить у кормила церкви послушную группу епископов во главе с архиепископом Григорием (Яцковским), однако, митрополит Сергий (Страгородский), назначенный митрополитом Петром своим заместителем на время ссылки всех трех Патриарших Местоблюстителей, запретил эту группу. Начальник особого секретного отдела ОГПУ Тучков пытается оказать давление на митрополита Агафангела, срок ссылки которого истек в конце 1925 г. В апреле 1926 г. происходит его встреча с Агафангелом в Пермской тюрьме. Тучков предлагает ему воспринять высшую церковную власть. Цель предложения агента – столкнуть ведущих иерархов при помощи различных интриг и дезинформации, чтобы спровоцировать множественные расколы в церкви и тем самым лишить ее законной иерархии. Агафангел, конечно, не мог располагать в ссылке всеми текстами распоряжений митрополита Петра (Полянского), но, помня предательское поведение митрополита Сергия в 1922 г., он из Перми в апреле 1926 г. издает Послание, в котором извещает о своем вступлении в должность Патриаршего Местоблюстителя.