В ответ Александр указал ему на пример других церквей. Он писал, что любой христианин, способный принести пользу братьям, может быть приглашён епископом для проповеди. Конфликт был улажен, и Ориген, повинуясь своему епископу, вернулся в Александрию. Но благодаря Александру Ориген познакомился с епископом Кесарии Приморской Феоктистом, который в 231 г. рукоположил во пресвитера Оригена, находящегося проездом в Кесарии Палестинской, и конфликт стал неразрешимым. В Александрии один за другим были созваны два поместных собора (231, 232 гг.), на которых Ориген был отлучён и лишён сана. Однако в Палестине этим постановлениям не придали значения, и Ориген, окружённый почётом, продолжал свою учёную деятельность в Кесарии. По сообщению Евсевия Памфила, «и Александр, епископ Иерусалимский, и Феоктист Кесарийский всё время прислушивались к нему и как учителю единственному ему уступали толкование Священного Писания и то, что касалось церковного обучения». В 251 г. началось одно из самых жестоких в истории гонений на христиан – гонение императора Деция (248–251 гг.). Киприан Карфагенский (ум. в 258 г.) называет Деция «infestus sacerdotibus Dei» («врагом священников Божьих»). Тогда также пострадали епископ Римский Фабиан (236–250 гг.) и Антиохийский епископ Вавила (237–253 гг.). Александр был приведён на восточный берег Средиземного моря в Кесарию Палестинскую – один из богатейших и великолепнейших городов Палестины, расположенных на восточном берегу Средиземного моря; получила свое наименование в честь Кесаря (Октавия) Августа от царя Иудейского Ирода, строившего повсюду города и храмы в честь Кесаря и украсившего Кесарию; ныне – на месте прежнего великолепного города расстилается совершенная пустыня с одними грудами развалин) на суд проконсула, где вторично исповедал Христа, дерзновенно обличив языческое заблуждение. Тогда он был отдан на растерзание зверям, но те его не тронули. Брошенный в темницу, он пробыл там довольно продолжительное время и там же скончался от усечения мечом. Святитель Дионисий Александрийский (247/248 – 264/265 гг.) говорит о кончине Александра с благоговением. На отношение к личности святителя нисколько не повлиял даже конфликт двух церквей. Из произведений Александра известны лишь отрывки, приводимые у Евсевия Памфила и у блаженного Иеронима («De viris illustribus»). Это, в основном письма, адресованные христианам Антиохии, Антинои Египетской, Оригену и Димитрию Александрийскому. Александр Иерусалимский изображается как святитель, в саккосе и омофоре, с Евангелием в руках, седовласым с недлинной раздвоенной бородой: в греко-грузинской рукописи (XV в.) – в рост; в настенном минологии нартекса архиепископа Даниила II, Печская Патриархия (Косово и Метохия), около 1565 г., – поясное изображение. Мученичество святителя (усечение мечом) представлено в настенных минологиях: в нартексе церкви святителя Николая Орфаноса в Фессалонике (Греция), 1309–1319 гг.; в нартексе церкви великомученика Георгия в Старо-Нагоричино (Македония), 1317–1318 гг. Сохранилась фреска с его изображением в церкви св. Симеона Богоприимца в Новгороде (XV в.).