Ситуация продолжается до 1497 г., когда на Афон снова начинают прибывать русские монахи. В 1307 г., по сведениям архиепископа Даниила, каталанские пираты сжигают «как дикие звери» монастырь, оставив в целости только башню. Но жизнь на этом не прекращается. Не получая помощь из России, монастырь был «обласкан» вниманием со стороны сербских царей. Стефан Душан после расширения границ своего государства и захвата Северной Греции посещает в 1345 г. Святую Гору. Его внимание привлекает монастырь «Фессалоникийца» (к тому времени – русский), где был пострижен его предок – Савва. Хранящиеся в монастыре акты свидетельствуют о том, что Стефан Душан оказал русскому монастырю щедрую экономическую помощь и назначил игуменом сербского богослова Исаию. Окрепнув материально, русский монастырь начал расширять и укреплять свои границы. В 1422 г. в местечке Калиагра для приема грузов, адресованных монастырю, строится небольшой причал и складское помещение. О надежности оборонительных сооружений монастыря, построенных в этот период, свидетельствует договор, заключенный между монастырем «Св. Пантелеймона» и греческим монастырем Рила. Согласно договору 1466 г. русскому монастырю передаются на хранение некоторые очень ценные предметы и церковная утварь греческой обители. Из византийских императоров монастырь поддержали Иоанн V (1341–1376 гг.) и Мануил II (1391–1425 гг.), а также Елена Палеолог в 1407 г. Не остались в стороне сербские и русские цари. В 1509 г. сербская княгиня Ангелина, постригшаяся позже в монахини, попросила великого князя Василия III стать покровителем русского монастыря. Обращение сербской княжны нашло отклик у Василия III, в жилах которого текла и греческая кровь. Его мать Софья – супруга Ивана III, являлась представительницей последней византийской династии Палеологов. В конце XVI в. русский патриарх Иов (1591 г.) и великий князь Федор Иванович (1592 г.) разрешают сбор пожертвований в России в пользу монастыря. Из румын монастырю покровительствовали воеводы Иоанн Влад (1487 г.) и Иоанн Раду, выделявшие ему большую ежегодную помощь. Период турецкого владычества подверг русский монастырь серьезным испытаниям, иногда обитель оказывалась полностью заброшенной. В 1574–1584 гг. монахи были вынуждены покинуть монастырь, и помощь в размере 500 рублей, посланная Иваном Грозным, не нашла получателя. Великий русский князь возложил на себя заботу не только о русском, но и обо всех афонских монастырях. Это была забота об осколке византийской империи, на наследство которой он претендовал. Но и в последующие годы ситуация не изменилась к лучшему. В письме вселенского патриарха Кирилла I Лукариса (1620 г.) отмечается, что монастырь находится в тяжелом положении, долги растут и по этой причине монахов сажают в тюрьму. Церковь и стены, окружающие монастырь, разрушены. Отцы лишены даже самого необходимого. Все вышесказанное вынудило Священный Кинот в конце XVII в. взять русский монастырь под свою опеку. Положительные изменения начинают намечаться в 1708 г., когда валашский господарь Михаил Рогович передал русскому монастырю находящуюся в Валахии обитель Нтошаны. Однако очень скоро, в 1730 г., щедрый жест валашского господаря был сведен на нет: монастырь Нтошаны оказался захвачен турками, а его церковь превращена в минарет. Усиливающиеся противоречия между Россией и Турцией в начале XVIII в. имели отрицательные последствия и для русского монастыря на Афоне. Турецкие власти начали всячески препятствовать доступу русских монахов на Святую Гору, что привело к упадку русской обители.