Важнейшим его положением стало признание лютеранства в качестве легитимной конфессии. Само соглашение представляло, по сути, договор между католическими и лютеранскими субъектами империи под главенством объединяющих институтов – имперских учреждений и императора из дома Габсбургов. Однако в тексте Аугсбургского соглашения не содержались четкие критерии отнесения исповедуемой конфессии к лютеранству: под лютеранами понимались лица, признающие Аугсбургское исповедание 1530 г. и «конфессионально родственные им члены». Эта оговорка позволила кальвинистам в дальнейшем также претендовать на легитимность и полноправное участие в государственной системе империи. Другие протестантские конфессии (цвинглианство, анабаптизм, спиритуализм) не получили признания в империи и оказались вне закона. Утвердив легитимность лютеранства, Аугсбургское соглашение провозгласило также амнистию для всех лиц, осужденных из-за своей принадлежности к этому вероисповеданию, и прекращение юрисдикции католических церковных судов над лютеранами. Аугсбургское соглашение установило гарантии свободы вероисповедания для имперских сословий (курфюрстов, светских и духовных князей, свободных городов и имперских рыцарей). Каждый субъект империи мог свободно перейти из католичества в лютеранство или обратно. Принадлежность к тому или иному вероисповеданию не могла служить причиной ограничения данного субъекта в правах. В свободных имперских городах был введен принцип равных прав представителей обоих конфессий на отправление религиозных культов. Свободу вероисповедания получили также имперские рыцари, находившиеся в непосредственной вассальной зависимости от императора. Однако, несмотря на требования лютеран, Аугсбургский мир не предоставил право выбора религии подданным имперских князей и рыцарей. Подразумевалось, что каждый правитель сам определяет вероисповедание в своих владениях. Позднее это положение трансформировалось в принцип «чья власть, того и вера» («cujus regio, ejus religio»). Уступкой католиков в отношении конфессии подданных стала фиксация в тексте соглашения права на эмиграцию для жителей княжеств, не пожелавших принять религию своего правителя, причем им гарантировалась неприкосновенность личности и имущества. Католической партии удалось внести в текст Аугсбургского мира так называемую «духовную оговорку» («Reservatum Ecclesiasticum»), в соответствии с которой, в случае перехода духовного князя (епископа или аббата) в лютеранство, он подлежал отрешению от власти, а на его место избирался католик. Тем самым гарантировалось сохранение за католиками всех духовных владений, существовавших на 1552 г. Церковные земли, секуляризованные ранее, оставались под властью лютеранских правителей. Аугсбургский религиозный мир положил конец политическому расколу Священной Римской империи, восстановил ее единство и мир в Центральной Европе. Кризис, вызванный лютеранской Реформацией, был на время преодолен.