Афанасий Великий (293–373 гг.) в «Слове о воплощении Бога Слова» пишет, что Спаситель пришел на землю ради обновления человека, когда «идолобесие и безбожие овладели вселенною, и сокрыто стало ведение о Боге…», а в «Слове против язычников» изобличает «языческое и идольское безбожие», усматривая его в созданных язычниками нелепых, противоречивых представлениях о богах и формах их почитания. Августин Блаженный (354–430 гг.) в сочинении «Об истинной религии» подвергает критике заблуждения манихеев и язычников и противопоставляет их воззрениям христианство как истинную религию. В сочинении «О граде Божием» он осуждает демоническое мировоззрение язычников, их многобожие и антропоморфные представления о жизни богов. Для философской мысли Средних веков атеизм не характерен, характерно взаимное обвинение в ереси. В эту эпоху религиозные представления настолько преобладали над остальными, что о проявлении свободомыслия не могло быть и речи. Философия рассматривалась в качестве «служанки богословия», независимо от того, толковалась ли эта роль для богословия и философии в положительном или отрицательном смысле. Связь христианского богословия и философии исключала в теоретической области саму возможность сомнения в существовании Бога. Размежеванию богословия и философии, а затем и их противопоставлению способствовала теория «двойственной истины», получившая известность в арабском аристотелизме и признанная лишь некоторыми из схоластов (Пьер Абеляр и др.). Но она не вела непосредственно к атеизму. Еретические учения, отпадавшие от христианства и сопровождавшие его в течение всей истории, хотя в пылу борьбы иногда и назывались атеистическими, а их представители –   атеистами (безбожниками), на самом деле таковыми не являлись. Однако гнет религиозных представлений вызывал реакцию, принимавшую иногда очень резкую форму, близкую к атеистической. К числу получивших известность атеистических произведений этой эпохи обычно относят анонимный трактат «О трех обманщиках», упоминание о котором встречается начиная с XIII в. Папа Григорий IX (1227–1241 гг.) в энциклике 1239 г. приписал ее авторство императору Фридриху II (1218–1250 гг.), сыну Генриха VI Гогенштауфена (1190–1197 гг.), но без достаточного на то основания (с тех пор многие пытались найти автора и приписывали авторство разным лицам разных времен, до Мильтона включительно). Свободу духовной жизни в этот период европейской истории старались гарантировать лишь странным учением о «двойной истине», впервые высказанным Симоном из Турне (начало XIII в.). Это учение утверждало, что одно и то же положение может быть истинным в теологическом смысле и ложным в философском, и наоборот. Таким образом, Пьетро Помпонацци (1462–1525 гг.), например, мог отрицать индивидуальное бессмертие, говоря, что философски оно не может быть доказано. Дж. Бруно на рубеже XVI и XVII вв. защищался от обвинения в ереси ссылкой на учение о «двойной истине». Отголоски этого учения можно проследить и до Нового времени: так, выводы теоретического разума в философии И. Канта находятся в резком противоречии с постулатами практического разума. В этом противоречии теории и практики воскресло старое учение о «двойной истине», только роли переменились: в Средние века «двойной истиной» защищали право на свободное исследование, а в философии И. Канта она служит защитой веры против притязаний разума. В практической жизни учение о «двойной истине» выразилось в отделении церкви от государства.