Кандидиан имел неосторожность полностью прочесть указ императора, что по протоколу считалось открытием собора. После прочтения сакры епископы выставили Кандидиана за двери церкви, признав собор открытым, и спешно, в течение одного заседания, осудили Нестория и лишили его священства. 26 июня прибыли антиохийцы. Выслушав доклад Кандидиана о незаконности собрания Кирилла, восточные епископы, соблюдая все формальности, открыли свой собор Восточного диоцеза и епархий Вифинии, Писидии, Каппадокии и др. На нем учение Кирилла было признано еретическим, его поведение предосудительным, а сами Кирилл и Мемнон были лишены сана. 29 июня Феодосий II, еще не зная о прибытии в Эфес Иоанна Антиохийского и о его действиях, объявил все соборные постановления 22 июня незаконными. Но епископам было приказано не разъезжаться и ждать нового уполномоченного. К 10 июля прибыли папские легаты, и, несмотря на запрет императора, Кирилл продолжил соборные заседания. 31 июля, не успев подписать последнего постановления, «отцы» собора были распущены. В это время явился новый уполномоченный императора с приказом об аресте Кирилла и Мемнона. Несторий ради церковного мира согласился оставить константинопольскую кафедру, и был с почетом отправлен в свой антиохийский монастырь. Восточные епископы по дороге домой собрались на еще один собор, в Тарсе, где к ним присоединилось 7 членов собора Кирилла Александрийского. На этом соборе было подтверждено низложение Кирилла и Мемнона. Кирилл же, подкупив охранников, бежал из-под стражи в Египет. Но некоторые его последователи направились в Константинополь, где им удалось склонить императора на свою сторону и даже поставить на освободившуюся столичную кафедру своего кандидата – пресвитера Максимиана. Приказом от 30 июля 435 г. император Феодосий повелел сжечь все сочинения Нестория, а его самого отправить в ссылку в Египет, где он и умер в 451 г. Сторонники опального архиепископа подверглись преследованиям и бежали в Персию. Так как Персидская церковь  ориентировалась на богословие учителя Нестория Феодора Мопсуестийского, она охотно приняла беглецов с Запада, а Нестория канонизировала как учителя церкви и бескровного мученика (исповедника). Тем не менее, Ассирийская церковь Востока отвергает наименование «несторианская», т.к. Несторий никогда не создавал ни нового вероучения, ни новой иерархии. Формирование несторианства как церкви происходило так. Еще в первой четверти IV в. в городе Нисибине, у самой границы с Персией, была создана богословская школа (академия) для обучения Священному Писанию. Одним из основателей и первых учителей этой школы был Мар Апрем (Ефрем Сирин). Когда в 363 г. Нисибин отошел к Персии, Мар Апрем перебрался в Эдессу, где стал преподавать в «школе персов», названной так по большому числу учителей и студентов из Персии. Поэтому некоторые историки считают Ефрема Сирина основателем Эдесской школы. В V в. в Эдессе преподавали такие сторонники Феодора Мопсуестийского и Нестория, как Ива Эдесский, Нарсай и Бар Саума. Возникли гонения против этого «оплота несторианства», которые привели к окончательному закрытию школы по указу императора Зенона в 489 г. Это вызвало бегство многих профессоров и студентов на персидскую территорию, в Нисибин, где в 457 г. Бар Саума стал епископом, а Нарсай – ректором и реформатором пришедшей в упадок после Мар Апрема Нисибинской академии. Постепенно реформированная школа Нисибина стала центром культуры и просвещения всей Ассирийской церкви Востока. Кроме богословия, профессора академии занимались филологией, логикой, философией, медициной, составляли исторические хроники, переводили с греческого на сирийский язык труды Аристотеля и других античных мыслителей.