Отпадение Константинопольского патриарха Иосифа II и присланного им на Русь митрополита Исидора в унию послужило основанием к исторически назревшему событию – отделению Русской церкви от Константинопольской. Преемник Исидора – Иона был поставлен митрополитом в 1448 г. собором русских епископов уже без утверждения Константинопольского патриарха. С тех пор, даже после падения унии на греческом Востоке, собор русских епископов самостоятельно избирал предстоятеля Русской церкви. Порядок управления в автокефальной Русской церкви строился в соответствии с канонами. Соборы Московской эпохи традиционно именовались Освященными соборами (в некоторых старообрядческих церквах это название Архиерейских соборов сохраняется). В их работе принимали участие не только архиереи, но и архимандриты, игумены, пресвитеры, а также носители светской власти – великие князья, впоследствии цари, бояре, но канонически установленными властными полномочиями обладали на них только архиереи. Из соборов Московской эпохи особую историческую значимость имели следующие: 1492 г. (когда решен был нелегкий ввиду широкого распространения апокалиптических настроений вопрос о составлении пасхалии на 8-е тысячелетие от сотворения мира); 1503 г. (подтвердивший право монастырей на владение населенной землей); 1504 г. (осудивший ересь жидовствующих); 1547 и 1549 гг. (совершившие канонизации многих русских святых); 1551 г., издавший «Стоглав», свод законов об устроении церковного порядка (название сборника перенесено было и на сам собор). В 1589 г. на Руси было учреждено патриаршество. От восточных патриархов русский первосвятитель отличался, прежде всего, тем, что при нем не было постоянного собора-синода, какой в то время уже состоял при патриархах на Востоке. После 1589 г. Освященные соборы и при патриархах оставались высшей инстанцией власти в Русской церкви. В XVII в. самыми значительными по своим последствиям были соборы: 1620 г. (подтвердивший сложившийся к тому времени на Руси обычай перекрещивать католиков и протестантов при их присоединении к православию); 1654 г. (отменивший это решение собора 1620 г. и начавший по инициативе патриарха Никона исправление церковных книг); Большой Московский 1666–1667 гг. с участием восточных патриархов (подтвердивший осуждение старых обрядов и низложивший патриарха Никона); 1682 г. (принявший решение о значительном увеличении числа епархий Русской церкви). Порядок управления в Русской церкви претерпел кардинальную реформу в связи с упразднением патриаршества и учреждением Святейшего синода в 1721 г. Проект реформы церковного управления под названием «Духовный регламент» был написан епископом Феофаном (Прокоповичем) к февралю 1720 г. После утверждения его Сенатом и Освященным собором, который оказался последним (соборы с тех пор не созывались вплоть до 1917 г.), 14 февраля 1721 г. состоялось открытие Духовной коллегии, на первом заседании которой она была переименована в Святейший Правительствующий Синод. Он был признан в качестве постоянного Собора, равного по власти патриарху, поэтому и носил титул Святейшего. Для придания большего авторитета и каноничности новому церковному правительству император Петр I обратился к патриарху Константинопольскому Иеремии III с просьбой, чтобы он после совещания с другими патриархами «учреждение духовного Синода за благо признать изволил». При этом текст «Регламента» не был выслан в Константинополь. В 1723 г. Иеремия III прислал утвердительную грамоту, в которой извещал о признании Святейшего синода своим «во Христе братом», имеющим власть «творити и совершати елико четыре Апостольские Святейшие Патриаршие Престолы». Аналогичные грамоты были получены и от других восточных патриархов.