Несмотря на то что императрица разрешила Арсению этих слов не произносить, он присяги так и не принес и просил императрицу «помиловать меня раба твоего и богомольца – отпустить в Ростовскую епархию мою». Елизавета исполнила его просьбу. Однако 1 марта 1743 г. Синод послал Арсению запрос о неприятии им формулы архиерейской присяги и о внесении в формулу исправлений. Арсению удалось объяснить дело лично императрице, но в начале 1743 г. он получил выговор от Синода за отступление от принятого в Великороссии архиерейского чина. В донесениях Синоду от 17 апреля и 1 декабря 1743 г. Арсений был вынужден давать объяснения в связи с тем, что «нарицал» первого иеродиакона архидиаконом, следуя обычаю, принятому в Киеве, Чернигове и Переяславе. Арсений также резко выступал против планов размещения отставных солдат при храмах и монастырях для поддержания порядка. Он игнорирует постановление духовного регламента, отказывает в помещении инвалидов в монастырях своей епархии, вместе с Амвросием (Юшкевичем) настаивает перед императрицей на удалении светских чинов из Синода и мечтает о восстановлении патриаршества. В своем донесении Сенату он указывал, что «не столько уже в монастырях обретается монахов, сколько солдат» и на содержание солдат у епархии нет средств. Так, весной 1743 г. он отказался принять в ярославский монастырь  в честь Преображения Господня сосланного на смирение колодника. При этом писал Синоду, что «монастыри устроены и снабдены награждением для богоугодного пребывания честных, беспорочных и неподозрительных лиц, вечного спасения желающих, и суть потому места святые и освященные на всегдашнюю службу Богу, а не для содержания сумасбродов, воров и смертных убийц-колодников». За употребление выражений «поносительных и уразительных» 31 апреля 1743 г. Синод объявил ему выговор. В 1745 г., после выговора, полученного от Синода, он решил уйти на покой, но императрица не дала на это согласия. Тем не менее, его управление ростовской епархией (1742–1763 гг.) было наиболее блестящим периодом деятельности Арсения Мацеевича. В первый год пребывания на Ростовской кафедре он издал инструкции, обязывавшие благочинных наблюдать за тем, чтобы во время богослужения «в храме пение было не мятежное и чтение по новоисправленным печатным книгам». Приходским священникам были разосланы его письменные повеления обучать прихожан молитвам и поведению в храме, разъяснять Символ веры, следить за соблюдением прихожанами постов и праздников, принимать все меры, «дабы везде в церквах святых было всегда благочиние и чистота»; овдовевшие священники в обязательном порядке должны были принять постриг. В период управления Арсением Ростовской епархией многие священнослужители, уличенные в недостойном поведении или приверженности к суевериям, были запрещены в служении или извергнуты из сана; к нарушавшим церковное благочиние клирикам он применял даже телесные наказания. Во время частых объездов епархии он старался устранить замеченные нарушения церковного благочиния: распорядился переписать «песьеглавые» образы св. Христофора в храмах, изъять апокрифические молитвы из Требников священнослужителей. В 1759 г. Арсений вступил в конфликт с назначенным ректором Ярославской духовной семинарии Владимиром Каллиграфом, в проповедях которого усмотрел «жидовство и кальвинизм».