Оценивая апокриф в одних и тех же выражениях («поэтические сказания», «благочестивая фантазия», «поэтическое выражение благочестивой мысли»), исследователи, тем не менее, расходятся в выводах, которые следуют из этого общего для них признания. Однако надо сказать, что утверждение о «благочестивом поэтическом чувстве», отличавшем создателей и почитателей апокрифов, прочно вошло в научный оборот и закрепилось там. Исследователи рассматривают апокриф как своеобразное дополнение к христианскому учению, как его поэтическую переработку. В результате такой переработки, как считают исследователи, преобразовывались строгие формулировки официальных церковных книг, которые приобретали при этом выразительность и привлекали внимание читателя высоким поэтическим звучанием, а высокая поэзия одинаково действует и на образованного богослова, и на простого мирянина, и на ученого мужа. Этим объясняется успех апокрифических сочинений как у монастырских книжников, так и в широкой народной среде, особенно в среде двоеверной, унаследовавшей от язычества обостренное чувство прекрасного. Сегодня уже никто не утверждает, что апокриф был сорной травой, пустоцветом на ниве древнерусской православной культуры. Апокрифическая книжность не только не нарушает общей гармонии в ней, но и украшает и обогащает общий «букет» русской культуры в целом. Так, в книжной традиции (в основном старообрядческой) апокрифы были в употреблении весь XVIII в., а в ряде мест их охотно продолжали включать в рукописные сборники еще и в XIX столетии. В устной народной культуре существовал мощный пласт духовных стихов, поверий, легенд, сказаний, молитв, заговоров и суеверий, возникших под влиянием неканонической литературы, которая иногда представлялась опасным элементом культуры раскола, а идеологическое неприятие апокрифов являлось прямым следствием того мнения, что «распространение подложных и поврежденных писаний», которые «писцы-невежды, по настроению ли собственного ума, или по требованию толпы», списывали с отреченных сказаний, «исполненных самых нелепых басен и суеверий». Так было в самом начале их появления на Руси, так было и до последнего времени. Неприятие апокрифов прекратилось к середине XIX в. Но и позже в оценке неканонической книжности прошлого наблюдались сильные колебания: от попыток примирить их с христианством до строгой констатации религиозной распущенности творцов и потребителей апокрифической литературы. То же самое можно увидеть и в отношении церкви к богомильскому влиянию на книжную культуру древней Руси. Так, мнение о богомильском происхождении «Болгарских басен» попа Иеремии основывается лишь на его отождествлении с попом Богомилом, которого считают родоначальником данной ереси. Такое отождествление находит основание в указаниях некоторых памятников, например, списка отреченных книг (до конца XV в.), принадлежавшего русскому митрополиту Зосиме, где записано: «Недуг естественный, иже трясавицами именуют, о. Сисинин и Сихаиле, что сия солгал Иеремия поп, Богомилов сын и ученик, паче же Богу не мил, о древе крестном, что солгано». Это мнение повторяется в более поздних рукописях, что и послужило основанием (когда были найдены «Басни попа Иеремии», среди которых есть и апокрифы о крестном древе) отождествить попа Иеремию с попом Богомилом. Такое отождествление было сделано, в частности, Ягичем, который первым нашел собрание апокрифов Иеремии. Его мнение было принято другим видным западнославянским ученым – Рачким и русскими учеными (Веселовским, Голубинским и др.).