В 1164 г. Генрих издал так называемые Кларендонские постановления, восстановив этим значительную часть власти короля над церковью. Они ясно показывают, чего добивались английские короли и чего не хотели уступить папы. Эти постановления имели целью зафиксировать 16 «обычаев, свобод и привилегий» деда Генриха II (Генриха I), признанных ведущими духовными лицами и аристократами. Однако большинство из положений постановления (кроме положения об инвеституре) нарушали действующее каноническое право церкви. Наиболее скандальную известность приобрела 3-я статья, которая устанавливала, что любой обвиненный в тяжком преступлении клирик должен быть послан королевским судом в церковный для разбирательства и в случае осуждения возвращен в королевский суд для вынесения приговора. На практике это означало казнь или увечье путем ослепления или отрубания рук или ног. На процессе в церковном суде должен был присутствовать королевский чиновник «для наблюдения за рассмотрением дела». Бекет осудил новое законодательство как узурпацию, жаловался папе Александру II, но папа выжидал. Генрих собрал королевский суд с целью лишить Бекета церковного сана, но Томас не подчинился суду и бежал во Францию, а оттуда грозил Генриху. На протяжении следующих восьми лет продолжалась ожесточенная политическая борьба между этими двумя деятелями, в которой принимали участие ведущие церковные и светские фигуры во многих странах Европы. Наконец, в 1170 г. на слова Генриха: «Неужели никто не избавит меня от этого несносного священника?» – откликнулись четверо служителей короля и убили архиепископа в его собственном соборе в Кентербери (к этому времени Бекет вернулся после 8-летнего изгнания). Однако это преступление так шокировало Англию и весь христианский мир, что Генрих принес покаяние, отправившись босиком в Кентербери, а главное, в 1172 г. он сдался папскому легату и публично отменил те положения постановлений, который были «оскорбительными». Историки английского права анализировали этот конфликт именно с точки зрения 3-й статьи. Однако на деле большее значение имели другие положения постановлений. Например, статья 8-я делала не папу, а короля верховным арбитром канонического права в Англии. Историки утверждают, что трагического конца могло бы и не быть, если бы каждый из противников проявил меньше упрямства. На самом деле каждый из них колебался между крайними требованиями и сделанными в неподходящий момент предложениями компромисса. Однако даже если допустить, что Генрих был готов отменить постановления как документ, остается вопрос: неужели он отказался бы от своего стремления контролировать церковь на своей территории? Конечно, можно объяснить реакцию Генриха огромным возмущением, которое вызвало это убийство, однако само это возмущение делает недостаточным чисто психологическое объяснение данного конфликта, потому что конфликт между Бекетом и Генрихом был, по сути, конфликтом по поводу объема церковной юрисдикции. В разных королевствах эти трения разрешались по-разному. В Англии на их разрешение сильно повлияли обстоятельства гибели Бекета. Некоторые историки считают нелогичным подозревать в убийстве Генриха II, поскольку он мог бы это сделать и во Франции, подослав убийц. Они полагают, что Бекета убили бароны братья Бро. Однако вся вина пала именно на Генриха, который даже не стал оправдываться.