Протестантизм также осудил апокатастасис уже в период Реформации, поскольку некоторые радикальные течения протестантизма (анабаптисты, моравские братья, христадельфиане и др.) возродили учение об апокатастасисе. 17-й артикул Аугсбургского исповедания гласит: «...В Конце Света Христос вновь придет как Судия и воскресит всех мертвых. Он дарует всем праведным и избранным вечную жизнь и вечную радость, неправедных же и порочных Он осудит на вечные муки. Наши церкви осуждают анабаптистов, полагающих, что будет конец наказаниям осужденных и порочных людей». Кроме анабаптистов впоследствии были осуждены меннониты, моравские братья, социниане и др. западные христианские секты, признававшие учение о всеобщем спасении. Однако это учение имеет место и в последующей истории протестантизма. Так называемые универсалисты, появившиеся в Англии и Америке в конце XVIII в., к проблеме апокатастасиса подходят с гуманистических позиций и решают ее в духе натуралистической этики, полагая при этом, что признание вечности мучений противоречит не только Священному Писанию, но и чувству человеческой справедливости. К подобным выводам пришел также известный философ и богослов Ф. Шлейермахер. В XIX в. среди сторонников апокатастасиса распространяется вера в уничтожение Богом осужденных на вечные мучения. Появляется аннигиляционизм (от лат. annihilatio – уничтожение) – религиозное направление, признающее вечную жизнь только для тех, кто достиг спасения, остальных же ожидает полное уничтожение. Согласно классификации Б.Б. Уорфилда, существуют три разновидности аннигиляционизма: 1) концепция абсолютной смертности, 2) концепция условного бессмертия и 3) собственно аннигиляционизм. Наименее популярная среди христиан концепция абсолютной смертности по сути своей является материалистической, т.к. предполагает полное уничтожение человека в момент смерти. Сторонники концепции условного бессмертия делятся на две группы. Одна из них признает прекращение существования неверующих в Бога после их смерти, в то время как другая верит, что воскреснут все люди, но после воскресения Бог прекратит существование грешников, для которых наступит вторая вечная смерть. Собственно аннигиляционизм допускает возможность бессмертия для человеческой личности лишь в том случае, если она не подверглась воздействию греха. Поскольку же это воздействие имеет место, а «возмездие за грех – смерть» (Рим. 6. 23), то любой человек непременно прекратит свое существование, если не войдет в единство со Христом, победившим грех в Себе Самом. В грехе человек как бы изнашивается и по прошествии определенного времени, длительность которого зависит от степени греховности человека, через саморазрушение приходит к самоуничтожению. Некоторые из сторонников собственно аннигиляционизма полагали, что грешника, отказавшегося от духовного возрождения во Христе, ожидает не самоуничтожение, а уничтожение его Богом, Который не может и не желает допустить, чтобы такой человек имел вечную жизнь. В XIX в. учение о всеобщем и полном восстановлении развивал русский мыслитель Н.Ф. Федоров. В протестантском богословии XX в. наряду с признанием вечности мучений встречаются попытки оправдания апокатастасиса или признания его антиномичности (так называемого двойного выхода: с одной стороны, рай и ад, с другой – всеобщее восстановление).