Однако, несмотря на столь неблагоприятные условия, Антоний деятельно исправлял свои обязанности: благодаря его стараниям в 1850-х гг. в России были учреждены новые старообрядческие епархии (саратовская, пермская, казанская, коломенская, балтская и др.) и поставлено до 12-ти архиереев. В начале 1860-х гг. Антоний разместил на Рогожском кладбище свою резиденцию, а в 1863 г. определением Освященного собора российских епископов он был избран архиепископом Москвы (как утверждают сами старообрядцы, из честолюбивого желания стать главой всех русских старообрядцев и на основании одной грамоты белокриницкого митрополита Кирилла). Этот поступок, как утверждается, совершенный без согласия русских архиереев, равно как и некоторые беспоповские убеждения Антония (а в реальности стремление Антония к преобладанию), возбудили против него среди старообрядцев сильное негодование. В следующем году по этому поводу даже был составлен Освященный собор, на котором решено было удалить Антония во владимирскую епископию, а на его место в качестве управителя церковными делами избрать другого епископа. Но выбрать нового московского архиепископа старообрядцам не удалось, и Антоний остался все-таки в Москве, хотя его значение отодвинулось далеко на второй план. В происходивших в следующие годы спорах по поводу «Окружного послания», изданного в 1862 г., Антоний проявил очень непривлекательные стороны своего характера. Больше всего желая упрочить за собой московский архиепископский престол, примирить враждующие партии, а с другой стороны, разделяя в душе некоторые беспоповщинские воззрения, против которых и было направлено «Окружное послание» (см. Белокриницкая иерархия), Антоний то «вменял послание яко не бывшее», то снова подписывался под ним, то примыкал к раздорникам, то опять действовал заодно с окружниками. По меткому выражению старообрядцев, он душу свою готов был положить за престол. Но, как известно, примирения обеих партий не последовало, и Антоний своим поведением только уронил себя в глазах старообрядцев. Тем не менее, Антоний почти 20 лет считался главой окружнической партии, хотя совсем не разделял выраженных в «Окружном послании» мнений. Он всегда был готов отказаться от «Послания» и делал многократные попытки приобрести этой ценой мир с противоокружниками. Это и было причиной продолжительной борьбы с Пафнутием Казанским, представителем партии окружиков. В начале 1870-х гг. этот давно тянувшийся спор (по поводу некоторых крайних мнений Антония), закончился, и закончился не с честью для Антония. Но, несмотря на все это, особенно после удаления от дел Пафнутия Казанского и Иллариона Егорова, автора «Окружного послания», Антоний сделался, в конце концов, полновластным владыкой русского старообрядчества. После смерти белокриницкого митрополита Кирилла (в 1873 г.) Антоний уже не довольствовался своим положением среди русских старообрядцев: он стремился подчинить себе Белокриницкую митрополию и даже поднимал вопрос о перенесении митрополии в Москву. Тем не менее, Антоний стал главным учредителем старообрядческой церкви на территории России. За последние годы своей жизни он особенно деятельно распространял и поддерживал старообрядчество всеми доступными средствами: им были поставлены новые архиереи, не говоря уже о значительном числе попов, около него образовался целый штат старообрядческих миссионеров, на его средства собирались, переписывались, составлялись вновь и даже печатались различные древние старообрядческие сочинения. Этими трудами, равно как и своим совершенным бескорыстием и нестяжательностью, Антоний успел заслужить уважение со стороны старообрядцев, несмотря на многие дурные поступки, совершенные им часто только из честолюбивых соображений. Умер Антоний в Москве 8 ноября 1881 г. О его жизни до возведения в архиереи есть сведения у архимандрита Павла (в «Воспоминаниях»; в «Братском слове» за 1883 г. или в его Полном собрании сочинений). Его жизнеописание составлено также Онисимом Швецовым (в «Братском слове» за 1883 и 1898 гг.). «Письма» Антония напечатаны в 3-м выпуске «Переписки раскольнических деятелей» (М., 1899 г.).