Маркелл восставал даже против неразборчивых ссылок на авторитет Отцов церкви. Но он дискредитировал свой метод собственным еретическим учением, из которого ученик его Фотин сделал крайние выводы. Слишком запоздалые воззрения этого своеобразного богословского мыслителя имели мало приверженцев и вызвали горячие возражения со стороны Евсевия и Акакия Кесарийских, Евсевия Эмесского и Василия Великого. На Никейском соборе Маркелл ревностно защищал «единосущие» и после Собора занимал видное место в рядах защитников его вероопределения. Он пользовался уважением никейцев и потому своими заблуждениями причинил много затруднений православным, утверждая их противников в мысли, что  никейское исповедание неизбежно приводит к савеллианству. Деятельность антиохийской школы, однако, не ограничивается богословскими направлениями, которые выступали в догматической борьбе, и представители которых развивали богословско-литературную деятельность преимущественно в рамках вопросов времени. В истории антиохийской школы в целом (в течение IV и V вв.) исследователи различают три периода: первый простирается немного за половину IV в., второй падает на последние десятилетия IV в. и первую половину V в., а третий отмечает собой упадок школы из-за несторианских споров, произведенных монофизитами. Вначале же антиохийское направление в богословии выступает просто как школа в самом общем смысле этого слова, но со времени Диодора Тарсийского она приняла формальный характер учебного заведения, с определенным учебным уставом и преимущественно монашеским направлением. Основой и средоточием богословских наук оставалось в ней Священное Писание. Сократ Схоластик свидетельствует об Иоанне Златоусте, Феодорите и Максиме (впоследствии епископе Селевкийском в Исаврии), что они посещали монастырскую школу Диодора и Картерия в Антиохии. Сам Диодор имел превосходного учителя в лице Флавиана. Феодорит был товарищем Нестория в монастыре Евтропия. Монастырских школ и заведений в Антиохии и на прилегающих к городу горах было несколько, и многие молодые антиохийцы искали себе умственного и нравственного образования в этих школах благочестивых иноков. Иоанн Златоуст увещевает родителей посылать своих детей в эти школы и не лишать их этого воспитания в уединении: «Путь они побольше пробудут там, даже от 10 до 20 лет, пока не достигнут духовной и нравственной зрелости и твердости характера, потому что чем больше они получат школьных упражнений, тем более приобретут силы в вере, науке и добродетели». Такие школы он называет аскетериями, монастырями, диатрибами и гимназиями. Из этих свидетельств обнаруживается неосновательность того мнения, что об антиохийской школе можно говорить лишь в более широком смысле этого слова, что она будто бы представляла собой лишь особое богословское направление, а не непрерывный ряд учителей с формальными заведениями. Это еще можно сказать по отношению к первому периоду экзегетической школы, но совершенно не применимо к периоду ее процветания. До Диодора и Феодорита сохранялся непрерывный ряд учителей, стоящих как в умственной, так и внешней связи  между собой, а также и устроенные по общему плану заведения и учреждения, которые были воодушевлены одним и тем же духом и имели одну и ту же организацию.