Время от времени региональные общины христиан соперничали между собой за влияние в патриархате. Наибольшую роль играли общины Дамаска (традиционной столицы Сирии и патриаршей резиденции) и Халеба – экономического центра страны. Иногда подобное соперничество приводило к внутрицерковным смутам, когда патриарший престол оспаривали друг у друга ставленники разных общин. По ряду самых разных причин (притеснения, бедность, уменьшение православного населения) к началу XX в. в Антиохийской православной церкви вместо 200 епархий насчитывалось лишь 16 с 400 храмами. Большинство храмов, особенно сельские, были очень бедны. В несколько лучшем состоянии находились монастыри. Однако на рубеже XIX–XX вв. преследования христиан со стороны турецкого правительства вызвали вмешательство европейских держав. В мае 1860 г. турки-фанатики убили 17 тыс. мужчин, сожгли 10 тыс. детей, изрубили в куски 7 тыс. женщин. Здания патриархии и многие храмы в Дамаске подверглись разрушению и разграблению. Была разорена некогда славившаяся своими раритетами церковная библиотека. Примерно через два месяца после разыгравшейся трагедии Франция высадила свои войска в Бейруте. Осенью 1918 г. сиро-ливанское побережье было занято английскими войсками, а области внутренней Сирии находились под контролем союзника Антанты эмира Фейсала, сына хиджазского короля. По условиям Версальского договора 1919 г., Сирия и Ливан перешли под управление Франции. В самой Сирии арабские националисты связывали с Фейсалом мечты о создании независимой арабской державы на территории Аравии, Сирии и Месопотамии. Часть православной общины поддерживала эти планы; патриарх Григорий демонстрировал лояльность правительству и при провозглашении Фейсала королем Сирии (март 1920 г.) даже принял участие в церемонии его коронации. Турецкая администрация стала предупреждать вспышки религиозного фанатизма погромного характера. После этого состояние Антиохийской православной церкви стало постепенно стабилизироваться. Храмы в Сирии начали приобретать церковную утварь, улучшилось материальное положение народных школ (в Сирии и поныне церковь не отделена от государства, а школа – от церкви), активизировалась проповедническая и миссионерская деятельность духовенства. Однако европейские державы не пожелали мириться с тем, что в Дамаске складывался очаг арабского национально-освободительного движения, и летом 1920 г. французские войска свергли режим Фейсала. Патриарх Григорий, известный своими националистическими настроениями, в 1921–1922 гг. содержался французскими властями под домашним арестом. В 1922 г. турки сумели изгнать иностранные армии, оккупировавшие Анталию. По Лозаннскому договору 1923 г. часть территории Антиохийской православной церкви – Киликия, Эдесса (Урфа) и Мардин – оказалась в составе Турецкой республики. По соглашению с Грецией об обмене населением все православные были депортированы из этих районов, несмотря на их протесты и заявления, что они арабы, а не греки. Затянувшаяся процедура выборов нового патриарха завершилась в феврале 1931 г. избранием в Бейруте кандидата от ливанской партии митрополита Лаодикийского Арсения (Хаддада). Одновременно в Дамаске был избран митрополит Трипольский Александр III. После смерти Арсения (в январе 1933 г.) он объединил весь патриархат под своей властью и стоял на позициях арабского национализма, выступая, в частности, в поддержку палестинских арабов, боровшихся с сионистской колонизацией.