Планы реформаторов завоевывать для протестантизма кантоны путем постепенных политических шагов, предпринимаемых магистратами, анабаптистами не признавались; они предлагали создавать свободные церкви услышавших благую весть, уверовавших и крестившихся. В своем социальном учении они выступали с требованиями равенства всех людей, введения общинного землевладения, отказа от ношения и применения оружия, от военной службы и государственных должностей, отрицания частной собственности, насилия и присяги, которую они рассматривали в качестве идолопоклонства. Жестоко преследовавшиеся церковными и светскими властями анабаптисты нашли отклик у простых людей в германоязычных странах. Одно их течение развивалось в Моравии и Южной Германии; параллельно в 40-х и 50-х гг. XVI в. в Нидерландах оформилось движение под руководством Меннона Симонса (1492–1559 гг.) – меннониты. Американские меннониты ведут свое происхождение от швейцарского и голландского ответвлений анабаптизма; колонии гуттеритов (секты, основанной в 1533 г. Якобом Гуттером в Моравии) расселились в Северной и Южной Дакоте, в Манитобе и Альберте в Канаде, в Парагавае. Они все еще придерживаются древнего христианского коммунизма, используя в качестве образца описанную в Деяниях апостолов практику первохристианской иерусалимской общины. В полемических сочинениях своих противников анабаптисты отождествлялись с крестьянскими бунтовщиками, особенно в Тюрингии, где восставшие находились под влиянием Томаса Мюнцера, а также с членами коммуны в Мюнстере (Вестфалия, 1534–1535 гг.). На первых порах основные группы анабаптистов и их руководители отрицали энтузиастические пророчества и насилие, равно как и современные им молитвы и символы веры, поддерживаемые вековыми традициями. Все же, как показывают обнаруженные после 1879 г. многочисленные архивные документы, основным расхождением с протестантскими реформаторами являлся вопрос о союзе между церковью и государством. В качестве руководящей модели анабаптисты избрали раннехристианскую церковь; они говорили, что церковь совершила «грехопадение» уже при Константине и проповедовали необходимость «восстановления» церковной жизни. В качестве Священного Писания анабаптисты признавали Новый Завет, а Ветхий – лишь как дополнение к нему и только в тех аспектах, которые не противоречили Новому Завету и служили дополнением к нему. Они исходили из того, что в Священном Писании нашло отражение только внешнее Откровение, внутреннее же откровение относится к душе человека. И Священное Писание, и более поздние теологические изыскания, по мнению анабаптистов, являются различными стадиями единого процесса Богоявления. Таким образом, Священное Писание не рассматривалось ими в качестве абсолютного авторитета. Они не воспринимали также традиционную христианскую трактовку боговоплощения Иисуса Христа. Широкий религиозный индивидуализм, основанный на мистической вере в пророческий дар и делавший каждого верующего единственным судьей над самим собой, заставил анабаптистов отрицать важность внешнего церковного общения. Отрицая церковный авторитет, они критически относились ко многим церковным обычаям и ритуалам. Христианские таинства воспринимались анабаптисты лишь как внешние символы, что в целом характерно для протестантских конфессий. Этот религиозный индивидуализм помешал им создать определенную религиозную систему и сложиться в какую-либо организацию. Анабаптисты не были не только организационно объединены, но и образ жизни и даже вероучение у каждой из групп имели свою специфику. Общим для всех было именно крещение во взрослом возрасте, а также признание свободы воли человека и необходимость совершения добрых дел, возврата к церкви апостольских времен, веры в божественное милосердие.