В 1355-м или 1356 гг. Алексий снова ездил в Константинополь для решения споров с Романом. В результате единая некогда русская митрополия оказалась разделенной надвое. Было решено, что Алексий останется митрополитом «всея Руси», а Роману достались литовские и волынские епархии с центром в Киеве. Впрочем, распри с Романом продолжались до его смерти в 1362 г. На обратном пути из Константинополя корабль Алексия попал в жестокую бурю на Черном море. Алексий усердно молился и дал обет: если он спасется, то построит в Москве церковь. Буря прекратилась, и путешественники смогли достичь берега. А в 1360 г. митрополит Алексий исполнил обет: на берегу реки Яузы он устроил храм и монастырь в честь Спаса Нерукотворного. В создании монастыря ему помогал ученик Сергия Радонежского Андроник, а монастырь по его имени с тех пор называется Спасо-Андрониковым. Уже при жизни митрополит Алексий прославился как чудотворец. В 1357 г. он ездил в Орду по приглашению хана Джанибека. Ордынская царица Тайдула лишилась зрения и пожелала, чтобы Алексий исцелил ее. Житие митрополита рассказывает, что 18 августа, в день отъезда, в Москве случилось чудо: в Успенском соборе перед гробом святого митрополита Петра сама собой загорелась свеча. Алексий разделил свечу и одну часть ее раздал народу, а другую взял с собой. В Орде, возле больной царицы, он помолился и зажег привезенную из Москвы свечу. Затем окропил Тайдулу освященной водой – и та тотчас прозрела. А в память о чудесном исцелении царицы Тайдулы, в 1365 г. митрополит Алексий заложил в московском Кремле монастырь во имя Чуда архистратига Михаила (на земле, подаренной ханом Джанибеком; на этом подворье в Кремле были его конюшни). Этот монастырь, известный под именем Чудова монастыря, просуществовал до 30-х гг. XX в., когда был взорван большевиками. Вскоре Алексию вновь пришлось ездить в Орду. Пришедший в результате переворота к власти хан Бердибек потребовал от русских князей огромной внеочередной дани. Митрополит постарался укротить ярость хана. До сего дня сохранился ярлык, выданный Бердибеком Алексию, подтверждающий освобождение Русской церкви от даней и поборов. В начале 1359 г. митрополит Алексий отправился в Киев, но был схвачен литовским князем Ольгердом, который заключил его под стражу, отнял все имущество и даже грозился убить. Однако Алексию удалось бежать. В Москву он вернулся в 1360 г. За время его отсутствия, в 1359 г. умер великий князь Иван Красный, завещав престол 9-летнему сыну Дмитрию Ивановичу. Опекуном над сыном он назначил митрополита Алексия. В течение последующих лет Алексий был  фактическим руководителем московского правительства. Дмитрия Ивановича он воспитывал как смелого воина и мудрого политика, способного объединить русские земли и организовать отпор Орде.