В 1866 г. в Каире состоялось собрание с участием 2-х архиереев Александрийского престола, 27-ми клириков и 17-ти представителей греческих общин, принявших 12 статей Положения об устройстве Александрийского патриархата и синодальном управлении. В XIX – начале XX в. наплыв из-за рубежа огромного числа технических специалистов, торговцев и предпринимателей, среди которых было много христиан, греков и сирийцев, привел к тому, что представители православных народов стали играть в экономике и культуре Египта все более значительную роль. К началу XX в. православная община составляла 100 тыс. человек, под властью патриарха состояли 2 митрополита и 50 клириков. Патриарх Фотий (1900–1925 гг.) строил храмы, учебные и благотворительные заведения, открыл Патриарший музей и Александрийскую библиотеку. При нем территория патриархата была разделена на 7 епархий. Патриарх Мелентий II (1926–1935 гг.) был одним из наиболее выдающихся патриархов того времени. Ему Александрийская православная церковь обязана своим возрождением, а именно установлением синодальной системы, учреждением церковно-административной структуры по всему африканскому континенту. Он учредил кафедры в Йоханнесбурге, Бенгази, Триполи, Тунисе, Судане и Эфиопии. Им основано Свято-Афанасьевское духовное училище, ставшее позже семинарией. При патриархе Мелентии II были построены новые храмы и благотворительные учреждения (школы, больницы, детские дома, приюты и т.д.). При следующем патриархе, Николае V (1935–1939 гг.), утвердился новый способ избрания главы Александрийской православной церкви, когда претенденты-сирийцы получили равные права наряду с другими кандидатами.После окончания Второй мировой войны с изменением политического положения региона греческая диаспора и Александрийский патриархат терпели притеснения. Это привело к увеличению потока эмиграции греков в другие страны, поэтому греческая паства в Египте сильно сократилась. Однако патриарх Христофор II (1939–1967 гг.) сумел преодолеть возникшие трудности. Он заложил основы современной православной миссионерской деятельности на африканском континенте. Ядром нового миссионерского движения стала Уганда, где был создан постоянно действующий миссионерский центр. Последовали хиротонии в иереи из коренных жителей.