До ссылки и смерти боярыни Морозовой связи пустозерцев с Москвой были настолько прочными, что протопоп посылал целые бочки освященной им воды своим духовным чадам, получал от них деньги, одежду, еду и даже малину, до которой был большой охотник. Позднее его рукописи прятались в кедровые кресты, которые изготавливал старец Епифаний. Из отдаленного уголка на всю Россию раздавалась страстная речь Аввакума. Он то обращался к властям с увещанием вернуться к старой вере, то писал к своим единомышленникам, ободряя их, возбуждая их фанатизм, призывая к страданиям за истинную веру, наставляя их, как устроить свою жизнь, разрешая их недоумения. Собор 1666–1667 гг. определил жестокие меры наказания для тех, кто упорно придерживался старых порядков. Страх перед возможной казнью, ссылкой в монастырь и лишением всего имущества заставлял людей покидать обжитые места и строить свои «скиты» в труднодоступных лесных районах. Исход в скиты приобрел массовый характер, в них строились амбары, поварни и всякие тайники на случай «слуг антихриста». Так как не всегда в скиту были попы, религиозный культ оказался здесь до крайности упрощен. Практиковались самосожжения, которые превратились для «старолюбцев» как бы во второе, неоскверненное крещение, дающее мученический венец. У Аввакума было достаточно авторитета, чтобы осудить и остановить самоубийственные смерти, но он увидел в них доказательство преданности старой вере, стояние против «соблазнов никонианства» и сам деятельно возбуждал на мученичество своих единоверцев. Пустозерские узники готовы были сами в любой момент принять мученическую смерть за веру, но при этом никогда не теряли надежды на освобождение. Однако их ожидание, что после смерти царя Алексея Михайловича никоновские нововведения будут отменены, не оправдались. В апреле 1682 г. он и его союзники были сожжены на костре за «великие на царский дом хулы», т.е. за обличение роли царя в церковном расколе. Неизвестно, кто отдал такой приказ, но инициатором казни был патриарх Иоаким, бывший в царствование болезненного юноши-царя Феодора Алексеевича одним самых влиятельных придворных и государственных деятелей. Проведенный Иоакимом в 1681–1682 гг. церковный собор создал особый «отдел постановлений» против раскольников, которым запрещалось собираться на молитвы. Видимо, в связи с этими постановлениями Аввакум и его пустозерские единомышленники 14 апреля 1682 г. погибли на костре. Общее число известных сочинений Аввакума, полностью или в отрывках, достигает нескольких десятков (около 60), среди них истолковательные беседы, челобитные, полемические и поучительные послания.