Из заточения он вышел таким же неуступчивым, каким был прежде, и Пашкову пришлось смириться с его непокорностью. Из ссылки Аввакум вернулся в начале 1663 г. по ходатайству московских друзей, но снова принимается энергично проповедовать против «ереси Никона». Он уже не был простым малоизвестным священником – его сопровождал ореол мученичества, дорогой ценой добытый в Тобольске и Даурии и привлекавший к нему внимание даже тех, кто не хотел знаться с ним раньше. Аввакум вернулся в Москву только в 1664 г., уже после того, как Никон оставил патриарший престол. Он был принят боярами, врагами Никона, «яко ангел». Чрезвычайно милостиво отнесся к нему и царь Алесей Михайлович, приказавший поселить его в Кремле, на подворье Новодевичьего монастыря. Но пути Аввакума и его покровителей были разные: они боролись лично против Никона – Аввакум шел против Никонова дела, его церковных преобразований, с которыми бояре убеждали его примириться. Для Аввакума компромисс был невозможен, колебание его могло быть только минутным. Ободренный своей фанатичной женой, он ревностно обличает «еретическую блудню». Во всех действиях старообрядческой общины он принимает в это время самое энергичное участие: он стоит во главе ее как один из самых смелых и талантливых борцов за правую, старую веру, как популярный проповедник, вполне понятный народу по своему языку, необыкновенно образному и реалистичному. До его ссылки вождем протеста был Неронов, но он ослабел, боясь быть под клятвою вселенских патриархов. И кроме Аввакума, не было никого, кто бы мог занять место Неронова. Это время может считаться самой горячей порой деятельности Аввакума. Его слава проповедника старой веры и мученика за нее сделала его в глазах ревнителей старины предводителем раскола. Пользуясь большой свободой, он действовал устно и писаниями. Где можно, он вступает в споры с «никонианами», пишет против них обличительные послания, подает царю челобитные об отмене «еретических» новшеств. Эти проповеди и писания Аввакума имели большой успех среди населения Москвы и многих отторгли от церкви. Царь и бояре сильно смущались «огнепальной» ревностью Аввакума. Ввиду того, что его проповедь против поддерживаемой царем Алексеем Михайловичем реформы находила широкий отклик, в том же 1664 г. его вновь отправляют в ссылку в Пустозерский острог, но до этого острога Аввакум не доехал и больше года прожил на Мезени, продолжая свою противониконианскую пропаганду и не подвергаясь при этом особым гонениям. В 1666 г. он был привезен в Москву на суд вселенских патриархов. Аввакума осудили на московских соборах 1666–1667 гг., лишили сана, подвергли анафеме и сослали в Пустозерск на реку Печору вместе с романовским попом Лазарем, диаконом Федором и иноком Епифанием, где он был заключен в «земляную тюрьму» (землянку). Всем ссыльным, кроме Аввакума, вырезали языки и отрубили пальцы на правой руке, чтобы не крестились двоеперстно и не писали (за Аввакума заступились царица Мария Ильинична и сестра царя, Ирина Михайловна). В ответ на действия церкви и царя Аввакум наложил ответную анафему на архиереев. Находясь в заключении, несмотря на тягостные условия, Аввакум около 15 лет продолжал свою проповедь в посланиях и грамотах. Однако старообрядческие учителя не были так изолированы от своих последователей, как бы того хотелось правительству.