Вместе со своими друзьями Аввакум поддержал возведение Никона на патриарший престол, ожидая от нового патриарха восстановления древнего порядка в богослужении. Службы Ивана Неронова пользовались большим успехом, но это объясняется не только его проповедническим талантом, но и наличием в Москве значительного количества ревностно верующих людей. В провинциальных же городах оказалось мало желающих выдерживать продолжительные «единогласные» и «учительные» службы. Нетерпеливый и решительный Аввакум Петров пытался поднять благочестие священников и верующих Юрьева-Поволжского принудительными мерами, но это кончилось возмущением населения и избиением протопопа. От смерти его спасло лишь вмешательство стрельцов, присланных воеводой. Опасаясь повторной расправы, Аввакум бежал в Москву, пробыв в этом городе 8 недель. В Москве он поступил в притч Казанского собора на Красной площади. В 1653 г. новый патриарх Никон ранее порвал с кружком боголюбцев и начал церковную реформу. Патриарх велел московским попам креститься тремя перстами, а земные поклоны во время службы заменить поясными. Выходит первая новоисправленная книга, издаются распоряжения против двуперстия и о сокращении числа земных поклонов за великопостной молитвой Ефрема Сирина. Иоанн Неронов отказался подчиниться нововведениям, за что в августе 1653 г. его лишили сана и сослали в Спасо-Каменный Вологодский монастырь. Аввакум сопровождал его часть пути, тепло простился с ним, а после возвращения в Москву прочел на паперти для прихожан собственное «поучение», в котором «лишние слова говорил, что и не подобает говорить». Он оказался среди наиболее энергично выступивших с протестом против нововведений, искажавших древние церковные обычаи. За это он был заключен в тюрьму, на цепь, при Андроньевом монастыре. Архимандрит с братиею пытались выговорить ему за непокорство, в ответ Аввакум обвинил патриарха в ереси и отлучил его «от писания». А в сентябре 1653 г. он был сослан в Сибирь, в Тобольск. Тамошний архиепископ Симеон встретил Аввакума с сочувствием и дал ему приход. По своему обыкновению протопоп зорко следил за нравственностью и правоверием своей паствы, и его благочестие вскоре принесло ему известность. Не только горожане, но и жители окрестных сел приходили к нему за поучением и советом в вопросах веры. Но из-за резких проповедей и непримиримого характера Аввакум нажил и много врагов. На него пошли жалобы. Слухи о его энергичных выступлениях против реформы дошли до Никона. Через два года пришел указ об отправке его за Лену. В 1655 г. Аввакум с женой Настасьей Марковной добрались до Енисейска, где их застал другой приказ: его назначили в качестве полкового священника в экспедицию воеводы Афанасия Пашкова, отправлявшуюся в Даурию. Поход Пашкова сопряжен был со всевозможными лишениями. Воевода оказался невежественным, грубым и жестоким самодуром: казни, плети, кнуты и пытки были у него обыкновенными средствами для поддержания дисциплины среди подчиненных. Аввакум не раз испытывал на себе гнев «озорника»-воеводы, который избил его однажды до потери сознания, а осенью 1656 г. на шесть недель посадил Аввакума в Братский острог, где протопоп просидел в «студеной башне».