На некоторое время Азербайджан попал в сферу влияния усилившегося в XII в. Грузинского царства. Постоянное давление на страну со стороны кочевников, продолжившееся в XIII в. в ходе монгольских завоеваний, привело к постепенной смене на территории Азербайджана языка азери тюркским разговорным языком огузской группы (литературными оставались арабский и персидский). С XIII в. происходит процесс консолидации азербайджанской народности. До начала XIX в. Азербайджан находился в сфере влияния Ирана, здесь существовало несколько ханств, зависимых от Ирана. С 1514 по 1639 гг. Османская империя вела военные действия на территории Азербайджана, однако удержать эту страну не смогла. В XVII–XVIII вв. происходит постепенное присоединение азербайджанских земель к России: в 1723 г. Баку, затем прикаспийская область от Сальян до Астрабада (отошедшие в 1734 г. к Ирану). Значительную часть северной и южной территории захватила Турция, вытесненная впоследствии Ираном. После распада персидского государства на территории Азербайджана образовалось 17 ханств. Во второй половине XVIII в. Персия завоевала южные ханства Азербайджана. В 1803–1805 гг. к России мирным путём были присоединены Карабахское, Шекинское ханства; Ганджинское ханство было присоединено после взятия русскими войсками города Ганджа. По Гюлистанскому (1813 г.) и Туркманчайскому (1828 г.) мирным договорам между Россией и Ираном за Россией были закреплены области Азербайджана с Баку, Сальянами и Ленкоранью; была установлена южная граница Азербайджан, существующая в настоящее время. В течение всего XIX в. Азербайджан оставался для России стратегически важным регионом в Закавказье, здесь располагались пограничные с Ираном и Османской империей гарнизоны. На территории Азербайджана была образована Шемахинская губерния, в 1850–1860 гг. были созданы Бакинская и Елизаветпольская (Елизаветполь – современный Гянджа). Азербайджан входил в каноническую территорию Грузинского экзархата, составляя его Бакинское викариатство. В Азербайджане русская администрация встретилась с давно сложившейся устойчивой исламской культурой. Попытки проповеди христианства большого успеха не имели. В конце XIX в. число православных в Азербайджане было невелико, в основном, это были русские чиновники, военные и немногочисленное грузинское население.