По сообщению ранней редакции, царь после беседы со святым дал ему мешок серебра, но блаженный на следующее утро вернул деньги, сказав, что они ночью «вопиют велми» в его келье. Узнав об отказе святого от денег, царь предложил ему сёла, но тот попросил весь Новгород. Перед походом на Псков царь вновь посетил юродивого, прося его благословения. «Завтра, государь, готов я в путь за тобою», – ответил Арсений Новгородский. Это было предсказанием собственной кончины: наутро Арсений Новгородский преставился. Погребение с почестями совершил Новгородский архиепископ Александр. Рассказ содержит ряд хронологических противоречий: царь находился в Новгороде с 6 января по 13 февраля, поход на Псков состоялся 13–20 февраля, а преставился Арсений Новгородский 12 июля; архиепископ Александр был поставлен на Новгородскую кафедру в 1576 г. (хотя исследователи предполагают, что он участвовал в погребении святого, будучи ещё архимандритом новгородского Юрьева монастыря). По мнению исследователей, встреча Арсения Новгородского с царём произошла летом 1572 г. 31 мая этого года царь вместе с новой женой Анной Колтовской, сыновьями и двором прибыл в Новгород и жил здесь два месяца, пребывание царя сопровождалось новыми казнями. Не только казни, по сообщению поздней редакции жития, привели к столкновению между государем и подвижником. 13 марта 1570 г. на Торговой стороне Новгорода, где стоял Арсениев монастырь, началась расчистка места для строительства «государева двора». Иван Грозный пришёл к Арсению Новгородскому с щедрыми дарами, желая, чтобы тот удалился. Арсений Новгородский не принял дары, обличив царя словами: «Многих неповинных души послал ты в Царствие Небесное». Царь смирился перед подвижником и не тронул его и монастырь (по мнению исследователей, предположению о встрече царя с преподобным в 1572 г. противоречит то обстоятельство, что царь в этот приезд не намеревался идти во Псков). По версии поздней редакции жития, последние годы жизни Арсений Новгородский провёл в затворе в основанном им монастыре, где и был погребён, над местом погребения Арсения Новгородского поставили каменную часовню, затем церковь в честь Рождества Христова. Арсений Новгородский был весьма почитаем среди новгородцев. Первое из чудес, описанных в житии ранней редакции, рассказывает о спасении жены благочестивого новгородца Ивана Мартынова. Переправляясь через Волхов на плоту, она поскользнулась и упала в воду. Сильным течением её затянуло под плот, в отчаянии женщина взмолилась Арсению Новгородскому, пообещав ежегодно совершать ему молебны, и неведомо как оказалась на другом плоту.