24 июня 1602 г. в монастырь был приведён бесноватый крестьянин Комельской волости Трофим Васильев по прозванию Зуб. Он тяжело заболел, после того как в ночь под праздник Рождества Иоанна Предтечи совершал в лесу некие «бесовские волхования». У раки Арсения Комельского был отслужен молебен, и родственники оставили больного в монастыре. Придя в обитель на престольный праздник Положения честной ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне, они приложили Трофима к раке преподобного, и крестьянин выздоровел. Два чуда совершились по молитвам к святому в разное время с представителями семьи Скорпиевых. Боярский сын В.М. Скорпиев, имевший поместья на реке Комеле неподалёку от Арсениева монастыря, попал в плен и был уведён в Литву. Он много молился Арсению Комельскому и обещал принять постриг в его монастыре, если будет избавлен от плена. Однажды ночью ему явился Арсений Комельский и сказал: «Востани, Василие, и иди в путь свой радуяся» (Российская государственная библиотека). Святой указал пленнику направление бегства через болото. Чудесным образом беглец остался незамеченным и, хотя был тяжело болен, благополучно достиг вологодских пределов. Придя в Арсениев Комельский монастырь, В.М. Скорпиев рассказал братии о своём чудесном спасении. Через несколько лет заболел его сын Порфирий, полтора месяца он не мог ничего делать правой рукой, даже перекреститься. «Порфирий хождаше ко врачом, врачи же ничтоже можаху уврачевати» (Российская государственная библиотека). Тогда он вспомнил о великом милосердии, оказанном Арсением Комельским его отцу, и пришёл в Арсениев монастырь. Здесь Порфирий отслужил молебен у раки Арсения Комельского и был избавлен от болезни. Точное время канонизации Арсения Комельского исследователям неизвестно. По предположению Евгения Евстигнеевича Голубинского, местное празднование святому было установлено раньше первой половины XVII в., т.к. в это время уже была записана бо́льшая часть чудес. Служба Арсению Комельскому была составлена, как полагают исследователи, одновременно со «Сказанием», единственный известный список службы датируется первой половиной XVII в. (Российская национальная библиотека).