Однажды к Арсению Комельскому пришёл местный крестьянин Алексей по прозванию Охотин. Во время охоты он потерял своих собак и долго бродил по Шилегодскому лесу, пока, наконец, не вышел к келье отшельника. Арсений Комельский с любовью принял Алексея и велел ему искать собак на мысу Кривике по реке Шингорь, предсказав, что он найдёт их там с большой добычей. Охотник действительно нашёл собак там, где указал преподобный. Добычей оказалась лисица «зело добра». Удивлённый прозорливостью святого, Алексей принёс ему лисицу, но Арсений Комельский отказался от подарка и велел охотнику раздать деньги, вырученные за лисицу, на милостыню. В 1538 г. Вологда и её окрестности подверглись нападению казанских татар, многие жители города и близлежащих деревень бежали в леса, некоторые поселились близ пустыни Арсения Комельского. Святой молился о спасении людей, укрывшихся в пустыни, и татары обошли её стороной. Однако уединение и безмолвие подвижника были нарушены, и преподобный вернулся в Комельский лес. Перед этим он, как полагают исследователи, посетил Москву, т.к. 13 июля 1539 г. ему была выдана несудимая грамота, которая также предоставила Арсениеву Комельскому монастырю права на надел земли на пять вёрст вокруг. Преподобный сам осваивал новые земли, «лесы сечаше и нивы насеваше». Однажды на корову из монастырского стада напал медведь. Старец помолился Богу и «зверя аркуда молитвою связа», затем преподобный повелел своему ученику наказать вора, «да впредь пакости не деет». Ученик отстегал зверя розгой, медведь же поклонился до земли, и иноки отпустили его (Российская государственная библиотека). С тех пор звери перестали нападать на монастырский скот. Это чудо нашло отражение в кондаке преподобному: «И зверя свирепаго аркуда молитвами укротил еси» (Российская государственная библиотека). 2 июля 1541 г. по благословению епископа Вологодского и Великопермского Алексия Арсений Комельский освятил в своей обители церковь в честь Положения честной ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне. В монастыре преподобный ввёл общежительный устав. Он продолжал также заботиться об основанной им пустыни в Шилегодском лесу, часто посещал её. По дороге Арсений Комельский имел обыкновение останавливаться в домах крестьян и беседовать об их нуждах, строго обличал работавших в праздники.