Образование новых поместных церквей было связано со славянской колонизацией Балкан и обращением славянских народов в христианство. При болгарском царе Симеоне, преемнике крестителя болгар св. царя Бориса, Болгарская церковь обрела фактическую независимость от Константинопольского патриархата, а в 927 г. Константинопольская церковь признала её автокефальный статус и патриаршее достоинство её предстоятеля Дамиана. После разгрома Болгарии императором Василием II Болгаробойцей Болгарская церковь утратила патриаршее возглавление. Новым её главой стал тогда архиепископ Охридский, который мыслился как правопреемник древних архиепископов Новой Юстинианы. Патриаршество было восстановлено в Болгарии вместе с её национально-государственным возрождением в XIII в., когда Константинопольский патриарх и другие Восточные патриархи даровали архиепископу Тырновскому патриарший титул. Вторично болгарская церковная автокефалия была утрачена после гибели Болгарского государства под натиском османских турок (XIV в.). Султан подчинил Болгарскую церковь Константинопольскому патриарху, который в Турецкой империи признавался этнархом и был наделён правами гражданской юрисдикции над всеми подданными султана православного исповедания. До середины XVIII в. просуществовала автокефальная Охридская архиепископия, однако клир этой южнославянской церкви был эллинизирован. Новое восстановление церковной независимости болгарского народа произошло уже в 1872 г., вначале самочинно и с нарушением канонов, что повлекло за собой анафематствование со стороны Константинополя и прекращение евхаристического общения новообразованного Болгарского экзархата с другими православными церквами. Лишь в 1945 г. болгарская схизма была преодолена, а с 1953 г. Болгарская церковь, как и в Средневековье, возглавляется патриархом. Подобно Болгарской, и Сербская церковь в своей истории пережила несколько трагических разрывов. Самостоятельная архиепископия была учреждена в Сербии в начале ХIII в., при сыне великого жупана Стефана Неманя Стефане Первовенчанном. Автокефальным архиепископом стал младший сын Неманя афонский инок св. Савва. В 1346 г. при короле Стефане Душане Собором сербских епископов Печский архиепископ Иоанникий был возведён в сан патриарха. За этим последовала анафема со стороны охранявшей свои преимущества Константинопольской патриархии. Анафема была снята в 1374 г., в самый канун османского порабощения Сербии. В 1766 г. Османская Порта упразднила Печскую патриархию, а все сербские епархии были переданы в подчинение Константинопольскому патриарху. И только в 1879 г., после восстановления сербской государственности, Сербская церковь возвратила себе автокефальный статус. Но ещё в 1710 г. Печская патриархия даровала автокефалию митрополиту Карловацкому, главе православной церкви на территории, входившей в состав Австрийского государства.