Помимо автокефальной Кипрской церкви во главе с архиепископом со времени императора Юстиниана существовала также автокефальная церковь Новой Юстинианы, предстоятель которой титуловался архиепископом, с ней преемственно связана была Охридская архиепископия. Христианские общины от древности существовали и за восточными пределами Римской империи. Возглавлялись они епископами, среди которых первенство принадлежало епископу Ктесифона (Селевкии). В качестве первого епископа церкви в пределах Персии он титуловался католикосом. Упоминание титула католикоса относится к 410 г. Этот католикосат не имел автокефального статуса и находился в зависимости от Антиохийского архиепископа, впоследствии патриарха, однако с очень широкой автономией, поскольку из-за почти непрерывных военных действий между Византией и Персией связи католикоса с Антиохийской кафедрой были затруднены. После отпадения католикосата в несторианскую ересь католикосы Селевкии Вавилонской усвоили себе и титул патриархов, притязая на полную автокефалию. Кроме того, католикосами стали титуловаться первоиерархи Армянской церкви. В Армянской церкви титул католикоса стал более высоким, чем патриарший. Впоследствии сан католикоса усвоили себе грузинские первосвятители. История Грузинской церкви восходит к IV в., когда благодаря апостольскому подвигу равноапостольной Нины, которая пришла из Каппадокии, грузинский народ был просвещён учением Христа. Под влиянием св. Нины новую веру принял царь Мириан (325–330 гг.). Грузинская (Иверская) церковь находилась в юрисдикционной зависимости от Антиохийской церкви. В 485–486 гг. предстоятель Иверской церкви св. Пётр, кафедра которого находилась в Мцхете, получил от Антиохийского престола титул католикоса. С середины VIII в. Грузинская церковь стала фактически самостоятельной, хотя автокефалию за ней не признавали в Константинополе и Антиохии. В IX–XI вв. возник Абхазский католикосат, находившийся в зависимости от Мцхетского католикоса-патриарха. В XV в. Абхазский католикосат приобрёл независимость. Последний Абхазско-Имеретинский католикос Максим в конце XVIII в. скончался в России. В 1801 г. Центральная и Восточная Грузия была присоединена к Российской империи. Вскоре после этого, в 1814 г., была упразднена и автокефалия Грузинской церкви. Вместо ушедшего на покой католикоса Антона V Святейший Синод назначил в Грузию экзарха. В 1917 г. Грузинская церковь восстановила свой автокефальный статус, который, однако, не был признан ни поместным Собором РПЦ 1917–1918 гг., ни новоизбранным патриархом Тихоном. Предстоятель Грузинской церкви получил титул католикоса-патриарха. Каноническое общение между Русской и Грузинской церквами было восстановлено в 1943 г. Русская церковь признала автокефальный статус Грузинской церкви, при этом, однако, не была дана согласованная оценка обстоятельствам, связанным с фактическим учреждением автокефалии в 1917 г. Помимо пяти патриархатов, древней Кипрской церкви, искони автокефальной, и учреждённой при императоре Юстиниане автокефальной архиепископии Новой Юстинианы, а также Грузинского католикосата с конца I тыс. н.э. образуются новые автокефальные церкви. Главы их со временем удостаиваются патриаршего сана.