Затем митрополит Алексий поставил вопрос об избрании патриарха и предложил кандидатуру митрополита Сергия, предложение было единодушно одобрено всеми участниками Собора. Митрополит Сергий поблагодарил преосвященных за избрание его патриархом и предложил формулу поминовения патриарха: «Святейшего отца нашего Сергия, Патриарха Московского и всея Руси». Митрополит Сергий предложил избрать Священный Синод при патриархе из трёх постоянных и трёх временных членов. Временных членов предполагалось выбирать на полугодовые сессии по одному архипастырю от каждой из трёх групп епархий: северо-восточной, центральной и южной в порядке старшинства. Постоянными членами Синода Собор избрал митрополитов Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича), а также архиепископа Горьковского Сергия (Гришина). Временными членами в Синод приглашены были архиепископы Куйбышевский Алексий (Палицын), Красноярский Лука (Войно-Ясенецкий) и Ярославский Иоанн (Соколов), а также управляющий делами Московской патриархии протоиерей Николай Колчицкий. Полномочия нового Синода отличались от полномочий того, который был учреждён определениями поместного Собора 1917–1918 гг. о высших органах церковного управления: поместный Собор в своё время предусматривал для Синода более самостоятельный статус, новый же Синод образовали при патриархе. Опыт, приобретённый РПЦ в 1920–1930 гг., показал особую ответственность первосвятительского служения, т.к. в пору гонений, при внешних и внутренних расколах и разделениях, для многомиллионной паствы главным духовным ориентиром, помогавшим различать, где православная церковь, а где схизмы, была личность первого архиерея – патриарха Тихона, потом митрополитов Петра и Сергия. Архиерейский Собор принял подписанную всеми его участниками декларацию об осуждении изменников веры и Отечества, направленную против коллаборационистов из духовенства и мирян, запятнавших себя сотрудничеством с оккупационными властями и одновременно посягнувших на учинение расколов. Разумеется, этот акт был направлен не против тех священнослужителей, которые, находясь на оккупированной территории, вынуждены были вступать в контакты с немецкими властями по вопросам, связанным с открытием храмов, епархиальной и приходской жизнью, контролировавшейся немецкой администрацией. Он касался священнослужителей, предававших ближних или откровенно переходивших на сторону фашистов. В обращении Собора к советскому правительству была выражена готовность умножить усилия РПЦ в служении правому делу спасения Родины от фашистской агрессии.