Митрополит Сергий ответил, что Собор можно созвать через месяц. Этот срок, очевидно, не соответствовал видам И.В. Сталина, и он спросил: «А нельзя ли проявить большевистские темпы?» – поинтересовавшись мнением Г.Г. Карпова на этот счёт. Г.Г. Карпов ответил, что если помочь митрополиту Сергию транспортом, предоставить самолёты, то Собор можно созвать через три–четыре дня. Договорились, что архиерейский Собор соберётся в Москве 8 сентября. Допустив возможность избрания патриарха, правительство признало несбыточность большевистских планов полного разгрома церкви и устранения её из жизни народа. По существу, были заключены условия своего рода «конкордата», который в основных чертах государственная власть соблюдала вплоть до начала хрущёвских гонений. Архиерейский Собор состоялся через четыре дня после встречи в Кремле в новом здании патриархии в Чистом переулке в Москве. В его деяниях участвовало 19 архиереев – все, кто в это время находился на кафедрах на не оккупированных немецкими войсками территориях: митрополиты Сергий (Страгородский), Ленинградский Алексий (Симанский), Киевский Николай (Ярушевич), архиепископы Красноярский Лука (Войно-Ясенецкий), Сарапульский Иоанн (Братолюбов), Казанский Андрей (Комаров), Куйбышевский Алексий (Палицын), Уфимский Стефан (Проценко), Горьковский Сергий (Гришин), Ярославский Иоанн (Соколов), Рязанский Алексий (Сергеев), Калининский Василий (Ратмиров), Новосибирский Варфоломей (Городцов), Саратовский Григорий (Чуков), епископы Молотовский Александр (Толстопятов), Курский Питирим (Свиридов), Кировский Вениамин (Тихоницкий), Ульяновский Димитрий (Градусов) и Ростовский Елевферий (Воронцов). Многих архиереев доставили на Собор на военных самолётах. Почти все они были исповедниками, прошедшими через тюрьмы, лагеря и ссылки, архиепископ Сарапульский Иоанн (Братолюбов) и епископ Молотовский Александр (Толстопятов) были освобождены незадолго до Собора. Архиерейский Собор открыл Местоблюститель Патриаршего Престола, прочитавший краткий доклад «О деятельности православной Церкви за два года Отечественной войны». Это был, конечно, не отчётный доклад в общепринятом смысле слова, поскольку говорить открыто о жизни РПЦ в годы, прошедшие после поместного Собора 1917–1918 гг., не было возможности, в докладе речь шла исключительно о патриотическом служении церкви во время войны. Затем Собор заслушал доклад митрополита Ленинградского Алексия «Долг христианина перед Церковью и Родиной в переживаемую эпоху Отечественной войны». Сравнивая Великую Отечественную войну с Отечественной войной 1812 г., митрополит Алексий указал на нравственные условия успеха русского воинства, общие для всех времён: «Твёрдая вера в Бога, благословляющего справедливую брань; религиозный подъём духа; сознание правды ведомой войны; сознание долга перед Богом и Родиной».